La plate-forme abSYNTH (Atelier de biologie de synthèse) hébergée au sein de l’Institut de Biologie des Systèmes et de Synthèse (iSSB – CNRS / UEVE / Genopole) a pour objectif de proposer de façon modulaire l’ensemble des tâches d’un projet de biologie de synthèse, de la conception jusqu’à sa réalisation.

La singularité de la plate-forme repose sur l’intégration en un lieu unique de l’ensemble des outils nécessaires au développement d’un projet de biologie de synthèse. L’innovation constante qui l’irrigue est fournie par les équipes de recherche de l’iSSB et ses partenaires extérieurs. Aujourd’hui, abSYNTH supporte une grande partie de l’activité scientifique des équipes de recherche de l’iSSB, ainsi que l’intégralité de l’activité expérimentale d’une start-up en biologie de synthèse.

Plate-forme abSYNTH
Joan Hérisson, responsable technique de la plate-forme, présente le nouveau calculateur

Trois modules constitutifs forment l’ossature de la plate-forme. Ces modules correspondent aux phases de conception, de construction et de caractérisation de nouveaux circuits génétiques. Ils s’appliquent à plusieurs échelles, depuis les bio-briques moléculaires jusqu’aux dispositifs et systèmes régulatoires et métaboliques.

- CONCEPTION : offre logicielle et outil de calcul intensif pour la conception de bio-briques moléculaires et de dispositifs et systèmes régulatoires et métaboliques ; aujourd’hui, une dizaine d’outils logiciels développés par l’iSSB sont accessibles sur absynth.issb.genopole.fr.

- CONSTRUCTION : chaîne d’assemblage automatisée de bio-briques en dispositifs et systèmes - clonage haut débit en phase liquide ; un robot, un service PCR, des centrifugeuses (dont une à haute performance), des agitateurs… sont actuellement en service sur la plate-forme.

- CARACTÉRISATION : procédé partiellement automatisé de tests phénotypiques des assemblages réalisés dans des microorganismes comme la bactérie ou la levure, en utilisant des approches de microfluidique ; la plate-forme s’appuie sur un plateau technique de microfluidique, un spectromètre de masse, un équipement de PCR quantitative, un système de documentation de gel, plusieurs lecteurs spectrofluorimétriques de plaques…

Un calculateur de 4 Tflops

En 2015, la plate-forme a mis à jour son calculateur, aussi bien sur le plan matériel que logiciel. Aux 20 nœuds comprenant 12 cœurs et 24 Go de RAM qui le composaient déjà, ont été rajoutés 2 nœuds de 48 cœurs équipés de 512 Go de RAM chacun. Le calculateur atteint ainsi une puissance de 4 Tflops.

Financé conjointement par le Conseil départemental de l’Essonne, Genopole et la Région Ile-de-France, ce calculateur est disponible pour les activités de recherche des équipes de l’iSSB et de leurs partenaires. Il est également exploité par les outils logiciels accessibles sur le portail web de la plate-forme abSYNTH.

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