En 2018, trois outils bio-informatiques ont complété l’offre de la plate-forme logicielle EvryRNA, dédiée à l’analyse et la prédiction de la structure des ARN :

Prédiction des structures secondaires et complexes des ARN
par les outils BiokoP et RCPred

BioKoP prédit les structures secondaires d’ARN incluant les pseudonoeuds.
Sa particularité est de combiner deux modèles de prédiction. L’outil propose ainsi un ensemble de solutions optimales (ainsi qu’un ensemble de solutions sous-optimales). Cette fonctionnalité augmente la probabilité de générer une structure la plus proche possible de la structure réelle.
Biokop est publié dans la revue internationale BMC Bioinformatics (Legendre et al., 2018).

RCPred prédit la structure secondaire de complexes d’ARN formés de plusieurs ARN interagissant entre eux.
L’outil fonctionne en plusieurs étapes : il prédit les structures secondaires potentielles de chacun des ARN du complexe puis les interactions possibles de chacune des paires d’ARN grâce à des outils que l’utilisateur choisit via l’interface. Le coeur de l’algorithme lance ensuite la recherche de la combinaison de structures et d’interactions minimisant l’énergie globale du complexe. L’une des particularités de RCPred est son interactivité : l’utilisateur peut intervenir dans les différentes étapes de prédiction, en apportant les informations dont il dispose, choisissant les structures les plus probables, etc.
RCPred est publié dans revue internationale BMC Bioinformatics (Legendre et Alexandre, 2019)

Classification d’ARN non-codants / codants
par IRSOM

IRSOM distingue dans un ensemble d’ARN les ARN non-codants des ARN codant pour la synthèse d’une protéine.
Sa particularité est de rejeter les séquences ambiguës. L’algorithme repose sur les cartes auto-organisatrices (SOM). Cette classe de réseaux de neurones propose avantageusement à l’utilisateur une visualisation des résultats sous forme de cartes.
IRSOM est publié dans la revue internationale Bioinformatics (Platon et al., 2018).

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