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Bio-informaticien spécialisé en NGS

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Société / Activité :

APHP, Hôpital saint Louis

Lieu :

Paris

Poste proposé

Intitulé du poste proposé
Biologie médicale, Virologie

Poste basé à
Laboratoirede Virologie, Hôpital Saint Louis, Paris 75010

Nature du contrat
CDD

Durée
12 mois renouvelable

Disponibilité
Décembre 2017

Rémunération envisagée
A définir selon profil

Détails de l’offre

Description entreprise
Le service de Microbiologie de l’hôpital Saint-Louis est un laboratoire dont le champ d’activité correspond plus particulièrement aux infections suivantes :

les infections bactériennes et virales des patients immunodéprimés,
les infections bactériennes et virales des patients du Centre de traitement des brûlés,
l’infection par le VIH, avec l’une des plus importantes files actives de patients de France,
les infections liées à la précarité, comme la tuberculose, particulièrement prévalentes dans le secteur nord-est parisien,
les infections virales des enfants immunodéprimés de l’hôpital Robert Debré,
les infections nosocomiales et/ou à bactéries multirésistantes,
les infections sexuellement transmises (IST).

Le laboratoire de Microbiologie comprend trois unités : Virologie, Bactériologie et hygiène et une antenne au Centre clinique et biologique des MST (maladies sexuellement transmissibles) de l’hôpital Saint-Louis.

Description poste
Mission principale
Participer à la création de pipelines pour l’analyse des données biologiques issues du séquençage haut-débit.
La maîtrise des concepts et outils de la bio-informatique, et en particulier de l'analyse de séquence, est indispensable.

Description profil
Formation/Diplôme
Master ou doctorat de Biologie/Informatique (double compétence appréciée)
Connaissances requises
Maitrise de l’environnement UNIX/ LINUX et d’un langage de programmation (PYTHON,PERL, R, …)
Connaissance de la Plateforme Galaxy.
Forte expérience en analyse de NGS demandée.

Niveau d’études
Bac+4

Contact

Personne à contacter
Maud Salmona

Email
maud.salmona@aphp.fr

Téléphone
0142499480

Adresse
1 avenue Claude Vellefaux

Complément d’adresse
Laboratoire de Virologie, Hôpital Saint Louis

Code postal
75010

Ville
Paris