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INGENIEUR/E QUALITE EN BIOINFORMATIQUE

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Société / Activité :

UMS CRefIX

Lieu :

EVRY

Poste proposé

Intitulé du poste proposé
Bioinformatique

Poste basé à
France

Nature du contrat
CDD

Durée
18

Disponibilité
avril 2019

Rémunération envisagée
A définir selon profil

Détails de l’offre

Description entreprise
Le Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG 2025) est un plan national piloté et soutenu par l’État. Il vise à positionner la France dans le peloton de tête des grands pays engagés dans la médecine génomique. Il est mis en œuvre par l’Alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé (Aviesan) qui regroupe les principaux acteurs de la recherche publique en biologie et santé (CEA, CHRU, CNRS, CPU, INRA, Inria, Inserm, Institut Pasteur, IRD).

Le PFMG 2025 vise à déployer les instruments du parcours de soins génomique. Il s’articule autour de trois grands objets :

• un réseau de douze plateformes de séquençage à visée sanitaire couvrant l’ensemble du territoire français. Les deux premières plateformes de séquençage, SeqOIA (Ile de France) et AURAGEN (Auvergne Rhône-Alpes) sont entrées en fonction en décembre 2018 et atteindront leurs objectifs cibles fin 2019. Les plateformes de séquençage suivantes seront choisies à partir de 2020.
• un Collecteur analyseur de données (CAD) mettant en place les outils pour exploiter les volumes de données générées.
• un Centre de référence, d’innovation, d’expertise et de transfert (CRefIX) permettant d’assurer les développements technologiques indispensables à la mise en œuvre du parcours.
Le CRefIX est une Unité Mixte de Service (UMS) entre l’Inserm, le CEA et l’Inria. Il est piloté par le directeur du Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Jean-François Deleuze, pour le CEA et Alain Viari pour l’Inria.

L’une des missions principales du CRefIX est d'assurer et garantir l’homogénéité et la qualité des solutions en biologie et bio-informatique déployées sur les plateformes de séquençage et sur le Collecteur Analyseur de Données (CAD) du PFMG 2025.
En réponse aux besoins en R&D du PFMG 2025, le CRefIX contribue au développement et à l’intégration d’innovations sur l’ensemble de la chaîne du séquençage génomique à visée de soin, depuis le prélèvement, la préparation des échantillons et le séquençage, jusqu’à l’analyse et l’interprétation des données. Dans cette optique, il articule un travail de veille technologique, un travail de R&D et un travail d’accompagnement et de définition de standards pour permettre aux plateformes de séquençage d’opérer de façon homogène. Pour cela, il rédige des Standards Operating Procedures (SOP) et met au point, valide et diffuse des étalons biologiques et informatiques.

Description poste
Le CRefIX vous propose de mettre en œuvre et d'organiser les procédures de suivi et de contrôle qualité des SOP émise par le centre de référence du CRefIX sur les procédure informatiques et bioinformatiques à déployer sur les plateformes de séquençage et sur le CAD. Vous évoluerez au sein d'équipes bioinformatiques et les accompagnerez dans l’organisation du transfert de connaissances vers les plateformes de séquençage du PFMG2025.

De manière plus spécifique, vous serez en charge de :
-  la mise en œuvre, le contrôle et le suivi des indications de conformité ;
-  la rédaction de procédures d’exploitation normalisées (SOP) ;
-  l’évaluation des solutions existantes ;
-  la veille technologique dans le domaine du traitement de données issues de la génomique et transcriptomique ;
-  l'échange de connaissances avec les bioinformaticiens des plateformes et du CAD ;
-  la présentation des travaux auprès des comités d’évaluation et des plateformes de séquençage du PFMG 2025.

Description profil
Formation :

Diplôme de niveau bac +5 en informatique/bioinformatique, vous justifierez d’une expérience dans le domaine du contrôle qualité.

Compétences Requises :

Aptitudes :
-  rigueur et méthodologie ;
-  attrait pour le travail rédactionnel ;
-  aptitude à comprendre des problématiques scientifiques ;
-  capacités à communiquer au sein d'équipes pluridisciplinaires ;

Connaissances techniques :
-  bonne connaissance du domaine du génie logiciel et de la bioinformatique ;
-  maîtrise des méthodes et normes de développement ;
-  bon niveau d'anglais.

Niveau d’études
Bac+5

Contact

Personne à contacter
Christine MICHEL

Email
christine.michel@cea.fr

Téléphone
0160878418

Adresse
rue Gaston Crémieux

Code postal
91000

Ville
EVRY