Le biocluster Genopole dispose d’une nouvelle plate-forme logicielle

La plate-forme EvryRNA de Genopole est un serveur web mettant à disposition de la communauté scientifique différents algorithmes et outils bioinformatiques dédiés à l’analyse génomique, et plus précisément à la prédiction et l’analyse des ARNs (acides ribonucléiques) non-codants. Ces outils sont développés au sein du laboratoire Ibisc (Informatique, Biologie Intégrative et Systèmes Complexes) de l’Université d’Evry-Val-d’Essonne.

Les ARNs non-codants sont des régulateurs du contrôle de l’expression des gènes, de l’établissement des domaines chromatiniens et de la stabilité du génome. Ils interviennent dans divers processus biologiques. Certains d’entre eux, notamment les microARNs, sont connus pour être impliqués dans un grand nombre de maladies, telles que le cancer et les maladies neuro-dégénératives. Leur étude permet de mieux comprendre ces pathologies, mais aussi d’envisager de nouvelles approches thérapeutiques pour les maladies génétiques et le cancer.

La plate-forme logicielle EvryRNA regroupe des logiciels bio-informatiques de prédiction de structure secondaire d’ARNs, d’identification et de recherche à grande échelle dans des séquences génomiques d’ARNs non-codants, notamment les petits ARNs (microARNs, piARNs, etc.) :

P-DCFold  : logiciel de prédiction de structures secondaires d’ARNs incluant les pseudonoeuds.
SSCA : logiciel de sélection des séquences homologues les plus informatives pour la prédiction de structure secondaire d’ARN par l’approche comparative.
Tfold : logiciel de prédiction de structures secondaires incluant les pseudonoeuds (intégration de SSCA et P-DCFold).
miRNAFold : logiciel de recherche ab initio de précurseurs de microARNs (pré-miARNs) à grande échelle dans les génomes.
ncRNAclassier : logiciel pour déterminer si un ARN non-codant est dérivé d’un élément transposable (ET) ou est mal annoté car correspondant à un ET.
miRBoost : logiciel de classification de séquences en vrais ou faux pré-miARNs.
piRPed  : logiciel de prédiction de piARNs.
RNA-SC : outil pour comparer une structure secondaire d’ARN prédite par rapport à une structure de référence.

Ces logiciels, correspondant à différents algorithmes utilisant des approches d’algorithmique de séquences et d’apprentissage automatique, sont publiés dans des revues scientifiques internationales à fort impact factor (Nucleic Acids Research, Bioinformatics, RNA, etc.). Comparés aux logiciels concurrents, ils apportent, en plus de l’efficacité des prédictions, la rapidité nécessaire à des analyses à grande échelle.

- Plus d’informations sur la plate-forme EvryRNA
- Contact : Madame Fariza TAHI

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