Le biocluster Genopole dispose d’une plate-forme logicielle dédiée à l’étude des ARN non-codants, dont on sait aujourd’hui l’importance, tant par leur nombre, leur diversité que par leur rôle dans le fonctionnement cellulaire.

La plate-forme EvryRNA de Genopole est un serveur web mettant à disposition de la communauté scientifique différents algorithmes et outils bioinformatiques dédiés à l’analyse génomique, et plus précisément à la prédiction et l’analyse des ARNs (acides ribonucléiques) non-codants. Ces outils sont développés au sein du laboratoire Ibisc (Informatique, Biologie Intégrative et Systèmes Complexes) de l’Université d’Evry-Val-d’Essonne.

L’intérêt des ARN non-codants

Les ARNs non-codants sont des régulateurs du contrôle de l’expression des gènes, de l’établissement des domaines chromatiniens et de la stabilité du génome. Ils interviennent dans divers processus biologiques. Certains d’entre eux, notamment les microARNs, sont connus pour être impliqués dans un grand nombre de maladies, telles que le cancer et les maladies neuro-dégénératives. Leur étude permet de mieux comprendre ces pathologies, mais aussi d’envisager de nouvelles approches thérapeutiques pour les maladies génétiques et le cancer.

La plate-forme logicielle EvryRNA regroupe des logiciels bio-informatiques de prédiction de structure secondaire d’ARNs, d’identification et de recherche à grande échelle dans des séquences génomiques d’ARNs non-codants, notamment les petits ARNs (microARNs, piARNs, etc.).

Les logiciels à disposition sur la plate-forme

P-DCFold : prédiction de structures secondaires d’ARNs incluant les pseudonoeuds.
SSCA : sélection des séquences homologues les plus informatives pour la prédiction de structure secondaire d’ARN par l’approche comparative.
Tfold : prédiction de structures secondaires incluant les pseudonoeuds (intégration de SSCA et P-DCFold).
miRNAFold : recherche ab initio de précurseurs de microARNs (pré-miARNs) à grande échelle dans les génomes.
ncRNAclassier : déterminer si un ARN non-codant est dérivé d’un élément transposable (ET) ou est mal annoté car correspondant à un ET.
miRBoost : classification de séquences en vrais ou faux pré-miARNs.
piRPed : prédiction de piARNs.
RNA-SC : comparaison d’une structure secondaire d’ARN prédite par rapport à une structure de référence.
BioKoP : prédiction des structures secondaires d’ARN comprenant des pseudo-nœuds, en combinant deux modèles de prédiction.
IRSOM : séparation des séquences d’ARN codants et non-codants
RC Pred : prédiction de complexes d’ARN via l’apport d’une énergie d’assemblage minimale.

Ces logiciels, correspondant à différents algorithmes utilisant des approches d’algorithmique de séquences et d’apprentissage automatique, sont publiés dans des revues scientifiques internationales à fort impact factor (Nucleic Acids Research, Bioinformatics, RNA, etc.). Comparés aux logiciels concurrents, ils apportent, en plus de l’efficacité des prédictions, la rapidité nécessaire à des analyses à grande échelle.

- Plus d’informations sur la plate-forme EvryRNA
- Contact : Madame Fariza TAHI

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