Logo des conférences "Science & Technology"Ce séminaire Sciences & Techno sera présenté par la société AltraBio.
Le thème abordé est :
Automatisation du gating : une méthode, des exemples, un outil

L’inscription est gratuite mais obligatoire.
S’inscrire par mail au près de P. Sanatine - psanatine@genethon.fr

Résumé :

Ces dernières années, la cytométrie a connu de nombreuses avancées technologiques (réactifs et instrumentation) permettant désormais de mesurer un nombre sans précédent de paramètres sur un nombre de cellules et d’échantillons de plus en plus important. Cela revêt un intérêt majeur pour la recherche biologique et médicale et conduit en la génération d’une vaste quantité de données habituellement analysées manuellement grâce au traitement appelé « gating ».
Dans le cas d’expériences à grande échelle, telles que les études de criblage à haut contenu (nombreux paramètres mesurés) ou les essais cliniques (nombreux échantillons mesurés), le temps requis ainsi que la variabilité induite par le gating manuel augmentent de façon importante, devenant même limitant au regard de l’objectif clinique ou de recherche.
Plusieurs méthodes ont été proposées pour automatiser ce processus. Or, presque toutes ces approches sont dites "non supervisées", c’est-à-dire qu’elles extraient et caractérisent les populations cellulaires sur la seule base des similarités entre les cellules qui les composent, et ce, sans aucun a priori. Bien que cela puisse être extrêmement précieux dans des contextes exploratoires, cela ne convient pas aux cas pour lesquels l’objectif est d’extraire spécifiquement des populations connues et préalablement définies (par exemple pour les essais cliniques). Il est alors nécessaire d’utiliser une méthode reproduisant le gating manuel.
AltraBio propose une méthode basée sur l’apprentissage automatique (Machine Learning) qui permet d’automatiser l’application de stratégies de gating complexes (populations rares, continuum, gates non basées sur la positivité/négativité des marqueurs,…) qui ne peuvent être adressées par les autres approches disponibles. Cette méthode génère des automates de gating (gating automatons) capable de reproduire une stratégie de gating spécifique tout en s’adaptant à la variabilité inter-échantillons.
L’objet de cette communication sera de présenter cette approche ainsi que des résultats obtenus, notamment en terme de gains en robustesse, normalisation et temps, pour différents projets en immunologie et en oncologie. Enfin, nous présenterons un service web, CytAutomaton, qui permet d’utiliser l’approche développée par AltraBio et créer et/ou utiliser des automates de gating à l’aide de ses propres données de cytométrie.

Mots-clés : computational cytometry, automatisation du gating, standardisation du gating, machine learning.