Photo © Christophe Hargoues/Genopole : Plate-forme de séquençage du laboratoire Genoscope

En 2010 avait été publié le catalogue des gènes de la flore intestinale humaine suite au grand projet international MetaHIT (Metagenomics of the Human Intestinal Tract). Le Genoscope avait participé à ce travail d’envergure, qui marquait le point de départ d’une nouvelle compréhension du microbiote humain et de son influence capitale pour la santé : l’homme et les bactéries qui l’habitent fonctionnent en véritable symbiose et toute altération de l’équilibre du « human-microbe symbiosis » peut conduire à de graves dysfonctionnements de notre organisme et à des maladies inflammatoires, métaboliques, des allergies et même des pathologies neurologiques.

Compte tenu de son impact sur notre santé, il devient fondamental de pouvoir caractériser le microbiote humain par une analyse métagénomique précise et standardisée. Adriana Alberti et Eric Pelletier, chercheurs au Genoscope, ont participé à cet objectif au sein du projet européen IHMS (International Human Microbiome Standards), dirigé par Joël Doré, de l’unité Metagenopolis de l’INRA. Un travail d’évaluation et d’optimisation des protocoles a été publié en ligne le 2 octobre 2017 dans Nature Biotechnology.

À partir d’échantillons identiques de fécès, 21 protocoles de prélèvement, traitement et extraction d’ADN réalisés par des laboratoires partenaires ont fait l’objet d’un séquençage du métagénome par le Genoscope, suivi d’une analyse par l’European Molecular Biology Laboratory (EMBL).

À partir des résultats d’analyses, les chercheurs du projet ont sélectionné un protocole optimisé, testé par les laboratoires volontaires et validé par l’analyse métagénomique.

Disposer d’une procédure standardisée que les laboratoires pourront mettre en œuvre pour obtenir des résultats robustes et comparables est essentiel pour progresser dans la compréhension du microbiote intestinal, explorer ce capital-santé, voire y puiser de nouvelles sources de médicaments.

Ces procédures sont publiquement accessibles sur le site du Consortium IHMS.

Références :
Towards standards for human fecal sample processing in metagenomic studies.
Nature Biotechnology, 2017 Oct 2.
doi:10.1038/nbt.3960

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