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Premier biocluster français, Genopole est un incubateur de projets d’excellence dédié aux biotechnologies. Situé à Evry-Courcouronnes, il offre un environnement unique aux chercheurs et aux entrepreneurs qui souhaitent innover et faire avancer la recherche.

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BIOINFORMATICS AND BIOSTATISTICAL TOOLS IN MEDICAL GENOMICS

Genopole Summer School 2019


JUNE 24-28, 2019, CHÂTEAU’FORM SEINE-PORT (77)
The programme will cover statistical methodologies and bioinformatics tools used in genomics and metagenomics in the context of a comprehensive approach to pathological mechanisms.
Genopole Summer School 2019 Genopole Summer School 2019

UNE 24-28, 2019, CHÂTEAU’FORM SEINE-PORT (77)

The programme will cover statistical methodologies and bioinformatics tools used in genomics and metagenomics in the context of a comprehensive approach to pathological mechanisms.
The course will include lectures by guest speakers as well as hands-on computer sessions* with experts in the field.

Program – Summer School 2019

CONFERENCES

→ Mihai POP, Professor, Department of Computer Science
Director, Institute for Advanced Computer Studies (UMIACS)
Title To Be confirmed (topic on metagenomics in human health and disease)

→ Marco Antonio MENDOZA-PARA, team leader, Genoscope – Centre National de Séquençage · Laboratory of Synthetic and Systems Biology LISSB
Title : Quality Control Assessment of ChIP-Seq and Related Deep Sequencing-Generated Datasets

PRACTICAL SESSIONS

Generation and analysis of data

Nicolas WIART CNRGH, CEA
→ « Workflow optimisation and data analysis on HPC facilities »

Valentin LOUX, INRA,
→ “Quality control, alignment and variant calling”

Variation in the human genome (SNPs, CNV…)
Vincent MEYER, Lilia MESROB and Florian SANDRON, CNRGH, CEA
→ Content on Whole Exome/Genome Sequencing as a strategy to identify the genetic bases of common Mendelian disorders and rare diseases.

Statistical methods (1)
Christophe AMBROISE, Université d’Evry-Val d’Essonne
Guillem RIGAILL, Inra Université d’Evry Val d’Essonne
→ Transcriptome / RNA-Seq analysis (Whole Transcriptome Sequencing) : quantification and differential expression
→ How to choose the appropriate statistical methodologies : detecting bias and troubleshoots and interpreting statistical results
→ Statistical inference /hypothesis testing
→ Quantitative genetics

Strategies for metagenomics

Katarzyna HOOKS, Université de Bordeaux , CNRS UMR 5800,
→ bioinformatic tools for the study of microbial communities in the scope of human health
Outcome of this session : After this workshop you will be able to : find a suitable tool to analyse the metagenomic sequencing, extract publicly available data from repositories (e.g. EBI Metagenomic), analyse and visualise it using web-based resources.

Visualization of genomics data
Andrei ZINOVYEV, Inserm U900-Institut Curie
→ Network-based visualization of genomics data
After this session, students will master using several popular platforms for network-based visualization of genomics data : Cytoscape, NaviCell, MINERVA. The students will be able to visualize a transcriptomic, proteomic, mutational, copy-number profile on an existing biological network (for example, from Atlas of Cancer Signaling Network), or to construct an ad hoc biological network from a pathway database, and use it for data visualization.

Transcriptomics
Fariza TAHI, Université d’Evry-Val d’Essonne
→ RNA secondary structure prediction and identification and prediction of ncRNAs in large-scale genomic sequences

Conference's Topics and Speakers

Emmanuel BARILLOT

Institut Curie, Paris

Ewan BIRNEY

EMBL-EBI, Cambridge

Emmanuelle GENIN

Inserm-Université de Bretagne Occidentale

Philippe SANSEAU

GSK London

Dennis WANG

University of Sheffield

Venue

ll participants will reside on the « campus des Berges de Seine » in Seine-Port.

Address :
Campus des Berges de Seine 
1 route de Beaulieu (D39) 
77240 Seine-Port

For more information, check the campus des Berges de Seine’s website :
http://www.chateauform.com/

Access map

By train, better to take the RER-D to Melun via Corbeil and then to detrain at “Ponthierry-Pringy” station.

Campus ’Les berges de Seine’
Châteauform’ (77)
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