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Premier biocluster français, Genopole est un incubateur de projets d’excellence dédié aux biotechnologies. Situé à Evry-Courcouronnes, il offre un environnement unique aux chercheurs et aux entrepreneurs qui souhaitent innover et faire avancer la recherche.

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Annuaire

Plateforme EvryRNA


Algorithmes et logiciels pour l’identification d’ARNs non-codants et la prédiction de leur structure
Institut de Biologie Génétique et Bio-informatique (IBGBI)
23, boulevard de France
91037 EVRY Cedex
Téléphone : 06 10 44 21 22
Email : fariza.tahi@ibisc.univ-evry.fr

Directeur : DELAPLACE Franck
Site Web >

Structure d’accueil

IBISC – Laboratoire d’Informatique, BioInformatique, Systèmes Complexes EA 4526

#Plateforme logicielle #Informatique / Bio-informatique

  • ARNs non-codants
  • Prédiction de structures secondaires
  • Prédiction de microARNs
  • Recherche à grande échelle
  • Prédiction de piARNs

DOMAINE D'ACTIVITÉ


– Prédiction de structures secondaires d’ARNs non-codants.
– Identification et prédiction à grande échelle dans des séquences génomiques d’ARNs non-codants, notamment les petits ARNs (microARNs, piARNs, etc.).

Logiciels

  • P-DCFold : logiciel pour la prédiction de structures secondaires d’ARNs incluant les pseudonoeuds.
  • SSCA : logiciel pour la sélection des séquences homologues les plus informatives pour la prédiction de structures secondaires d’ARNs par l’approche comparative.
  • Tfold : logiciel pour la prédiction de structures secondaires incluant les pseudonoeuds (intégration de SSCA et P-DCFold).
  • miRNAFold : logiciel pour la recherche ab initio de précurseurs de microARNs (pré-miARNs) à grande échelle dans les génomes.
  • ncRNAclassifier : logiciel pour déterminer si un ARN non-codant est dérivé d’un élément transposable (ET) ou mal annoté car correspondant à un ET.
  • miRBoost : logiciel pour la classification de séquences en vrais ou faux pré-miARNs.
  • piRPred : logiciel pour la prédiction de piARNs.
  • IpiRId : logiciel d’approche intégrative pour la prédiction des piARNs.
  • Biokop : logiciel pour la prédiction de structures secondaires potentielles incluant les pseudonoeuds d’une séquence d’ARN.
  • IRSOM : logiciel permettant, à partir d’un ensemble de transcrits, de déterminer ceux correspondant à des ARN codants et ceux correspondant à des ARN non-codants.
  • RCPred : logiciel pour la prédiction de la structure secondaire de complexes d’ARN (plusieurs ARN interagissant entre eux).

Outil annexe

RNA-SC : outil pour comparer une structure secondaire d’ARN prédite par rapport à une structure de référence.

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Plateformes génopolitaines

#Informatique / bio-informatique


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