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Plate-forme MicroScope – Annotation et analyses comparatives de génomes microbiens

Genoscope – Laboratoire d’Analyses Bio-informatiques en Génomique et Métabolisme (LABGeM)
Genopole Campus 2
2 Rue Gaston Crémieux
91000 EVRY-COURCOURONNES

Email : mage@genoscope.cns.fr

Responsable scientifique : MEDIGUE Claudine, David VALLENET
Responsable technique : Mathieu DUBOIS
Site Web >
Plateforme MicroScope - plateforme génopolitaine Plateforme MicroScope - plateforme génopolitaine

#Plateforme logicielle #Informatique / Bio-informatique

  • bioinformatique,
  • annotation de génomes microbiens,
  • génomique comparative,
  • réseaux métabolique,
  • transcriptomique, variants.

Structure d’accueil

CEA-Genoscope / UMR 8030 Laboratoire d’Analyses Bio-informatiques en Génomique et Métabolisme (LABGeM)

Tutelles

La plateforme est intégrée à l’UMR Génomique Métabolique (UMR 8030) dont les tutelles sont le CEA, le CNRS et l’Université Évry Val de Seine.

La plate-forme est intégrée aux infrastructures nationales en sciences de la vie France Génomique  et Institut Français de Bio-informatique. La plateforme est aussi intégrée à l’infrastructure européenne ELIXIR.

Certification

Le LABGeM est certifié NFX 50-900:2016, incluant la norme ISO 9001:2015, pour ses activités de recherche, développement et prestations de service via la plateforme MicroScope.

ISO 9001 & NFX50-900

 

 

DOMAINE D'ACTIVITÉ

La plateforme Microscope est utilisé pour des projets projets collaboratifs permettant l’annotation et l’analyse de génome microbiens en particulier. Ces projets impliquent souvent une analyse comparative et phylogénétique pour comprendre la dynamique et l’évolution des génomes bactériens, l’annotation syntaxique et fonctionnelle de nouveaux génomes bactériens ou des génomes d’organismes de référence. la plateforme intervient dans les domaines suivants : biomédical, agro-alimentaire, environnement, biotechnologie

Activités

  • Annotation de génomes microbiens (génomes et metagénomes assemblés) et développement d’outils destinés à l’annotation, à la génomique et au métabolisme comparatifs de génomes bactériens.
  • Génomique comparative et pangénomique.
  • Prédiction de fonctions et de processus biologiques.
  • Reconstruction de réseaux métaboliques.
  • Analyse de données de transcriptomique.
  • Recherche de variants dans des souches évoluées.
  • Assistance technique.
  • Formations à l’annotation de génomes procaryotes et à la curation de réseaux métaboliques.

Equipement

La plate-forme MicroScope est mutualisée avec l’infrastructure IT de Genoscope et a accès au très grand centre de calcul du CEA localisé à Bruyères-le-Châtel (CCRT).

Accès et services

>> Accès à la plateforme

Prestations

La plateforme MicroScope offre un service d’annotation de génomes et métagénomes nouvellement assemblés ainsi que l’analyse de données transcriptomiques.
>> en savoir plus sur les sevices 

Formation

Le LABGeM propose aux utilisateurs de la plateforme MicroScope des formations régulières organisées en collaboration avec l’université d’Evry :

  • « Annotation et analyse des génomes procaryotes à l’aide de la plateforme MicroScope »
    cette formation de 4,5 jours a pour objectif de présenter les fonctionnalités de la plateforme Microscope aux nouveaux utilisateurs.
  • « Plateforme MicroScope – Cours avancé »
    cette formation de 2 jours vise à présenter les derniers développements de la plate-forme MicroScope aux utilisateurs ayant déjà suivi une formation il y a quelques années.

>> Pour plus d’informations ou s’inscrire, rdv sur le site du LABGeM

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Plateformes génopolitaines

#Informatique / Bio-informatique

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