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Premier biocluster français, Genopole est un incubateur de projets d’excellence dédié aux biotechnologies. Situé à Evry-Courcouronnes, il offre un environnement unique aux chercheurs et aux entrepreneurs qui souhaitent innover et faire avancer la recherche.

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Annuaire

Plateforme MicroScope : Annotation et analyses comparatives génomiques et métaboliques de microorganismes


Genoscope CNRS / UMR 8030LABGeM
Genopole Campus 2 – 2, Rue Gaston Crémieux
91000 EVRY
Téléphone : 01 60 87 84 59
Email : cmedigue@genoscope.cns.fr

Responsable scientifique : MEDIGUE Claudine
Site Web >
Plateforme MicroScope - plateforme génopolitaine Plateforme MicroScope - plateforme génopolitaine

Structure d’accueil

Genoscope / UMR 8030 Laboratoire d’Analyses Bio-informatiques en Génomique et Métabolisme (LABGeM)

#Plateforme logicielle #Informatique / Bio-informatique

  • Annotation de génomes bactériens
  • Annotation fonctionnelle
  • Analyse comparative de génomes bactériens
  • Métabolisme bactérien
  • Réseaux métaboliques.

Tutelle

CEA, CNRS, DSV, IG, Genoscope / Institut de biologie François-Jacob

IBISAISO 9001

 

DOMAINE D'ACTIVITÉ


La plateforme Microscope est utilisé pour des projets projets collaboratifs permettant l’annotation et l’analyse de génome microbiens en particulier. Ces projets impliquent souvent une analyse comparative et phylogénétique pour comprendre la dynamique et l’évolution des génomes bactériens, l’annotation syntaxique et fonctionnelle de nouveaux génomes bactériens ou des génomes d’organismes de référence

  • Développement d’outils destinés à l’annotation, à la génomique et au métabolisme comparatifs de génomes bactériens.
  • Organisation et gestion de données génomiques et métaboliques dans des structures de bases de données.
  • Prédiction et analyse de réseaux et modèles métaboliques de génomes bactériens.
  • Analyse des données NGS : projets d’évolution (polymorphismes) et de transcriptomique (RNA-seq).
  • Développement d’interfaces Web conviviales pour l’utilisation des outils d’analyses et l’annotation experte (composant MaGe, Magnifying Genomes).
  • Service pour l’analyse de données génomiques ouvert à la communauté des microbiologistes à l’échelle internationale.
  • Formations à l’annotation, à l’analyse comparative génomique et métabolique, et à l’analyse de données de transcriptomique avec l’interface graphique MaGe.

La plate-forme est intégrée aux infrastructures nationales en sciences de la vie, France Génomique (https://www.france-genomique.org/) et l’Institut Français de Bio-informatique.

  • En local, la plate-forme MicroScope est mutualisée avec l’infrastructure IT de Genoscope : 700 coeurs (calculs) / 1 Peta (stockage)
  • Accès au très grand centre de calcul du CEA localisé à Bruyères-le-Châtel (CCRT) : 4 000 coeurs (calculs) et 5 Peta (stockage) sont à la disposition des plates-formes du réseau national France Génomique.

Le LABGeM est certifié NFX 50-900, incluant la norme ISO 9001:2008, pour ses activités de recherche, développement et prestations de service via la plate-forme MicroScope.

Accès

  • Prendre contact avec : Claudine MEDIGUE Tél : +33 1 60 87 84 59 cmedigue@genoscope.cns.fr
  • Demande d’intégration de (méta)génomes, de données de transcriptomique ou de données d’évolution : www.genoscope.cns.fr/agc/microscope/about/services.php
  • Accès aux bases de données et projets en cours via le site internet : www.genoscope.cns.fr/agc/microscope
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Plateformes génopolitaines

#Informatique / Bio-informatique


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