Un peu plus d’un an après avoir obtenu le prix ATIGE, les deux lauréats 2024 du programme phare de soutien à la recherche de Genopole nous présentent leur installation dans le biocluster et leurs avancées : le laboratoire qui les a accueillis, leurs travaux scientifiques, l’équipe qu’ils ont constituée grâce au financement, les opportunités que l’écosystème génopolitain leur offre.
Portrait de deux jeunes chercheurs qui montent
Alaksh CHOUDHURY : Optimiser la bioproduction de composés d’intérêt en associant ingénierie génétique et évolution naturelle de E. coli
Alaksh Choudhury a rejoint Genopole, et plus précisément l’unité de recherche de Genoscope (UMR Génomique métabolique, CEA/CNRS/Université Évry Paris-Saclay) en tant que chercheur CEA.
En décembre 2024, il a démarré dans ce laboratoire historique de Genopole, un projet visant à optimiser la bioproduction de molécules à haute valeur ajoutée, médicaments, biocarburants, ingrédients alimentaires, spécialités chimiques… par le micro-organisme Escherichia coli.
Alaksh Choudhury a apporté à ce projet son expertise en microbiologie et en science de l’évolution.
E. coli est une bactérie issue de notre système digestif. Très étudiée par les scientifiques, c’est un châssis de choix pour recevoir des constructions génétiques qui codent pour des enzymes capables de transformer un substrat en un produit utile à l’homme.
Comparée à la synthèse chimique, très énergivore, la production par culture bactérienne en bioréacteur à notre température corporelle de 37 °C, optimale pour E. coli, est une solution qui promet d’être plus durable.
Un problème biologique majeur reste néanmoins à résoudre : l’activité des catalyseurs apportés artificiellement à E. coli entre en conflit avec son propre métabolisme, à savoir avec ses processus naturels de survie et de croissance.
Dans de précédents travaux, Alaksh Choudhury a démontré le potentiel de l’évolution naturelle en conditions de stress pour générer des centaines de milliers de mutations. Ses recherches à Genoscope visent désormais à tirer profit de cette diversité pour cibler les gènes d’E. coli susceptibles d’améliorer sa production des molécules d’intérêt.
Un challenge qu’il relèvera avec le post-doctorant Joseph Villanueva, qu’il a pu recruter grâce au financement ATIGE.
Il bénéficie aussi pour cela des avancées d’équipes de Genoscope, complémentaires à ses travaux, notamment en ingénierie métabolique (Madeleine Bouzon-Bloch et Volker Döring) et en nouveaux biocatalyseurs et métabolisme synthétique (Anne Zaparucha et Carine Vergne).
Alaksh Choudhury : « The ATIGE program was a huge catalyst. It has helped me move forward in my research career ».
Le soutien ATIGE a représenté pour Alaksh Choudhury un tremplin pour transformer son idée de départ et ses aspirations de jeune chercheur en un projet concret de recherche, ouvrant ainsi d’autres opportunités de financement et aboutissant à une équipe opérationnelle.
Il est en effet aujourd’hui épaulé d’un post-doctorant, de deux doctorants et d’un ingénieur de recherche.
Partho Sarothi RAY : Comprendre le phénomène de métastase pour ouvrir des pistes thérapeutiques
Partho Sarothi Ray a lancé en 2025 des recherches pour comprendre le mécanisme de métastase des cancers après avoir rejoint le laboratoire SABNP (Structure et Activité des Biomolécules Normales et pathologiques, Université Évry Paris-Saclay/Inserm).
L’objectif de Partho Sarothi Ray est d’examiner comment les gènes s’expriment dans les métastases en analysant tout l’ARN produit par ces cellules cancéreuses particulières ainsi que les interactions protéines – ARN qui contrôlent le mécanisme.
Le phénomène de métastase constitue le principal risque d’échec des traitements du cancer. L’ambition de ce projet est d’apporter une compréhension du phénomène qui ouvrira des pistes thérapeutiques car il n’existe pas aujourd’hui de traitement contre le processus de métastase.
L’approche de cette question majeure de santé publique via les ARN et les protéines de liaison à l’ARN est nouvelle.
Elle bénéficie de l’expertise de Partho Sarothi Ray en biologie cellulaire et en physiopathologie du cancer et de l’inflammation, ainsi que des spécificités du laboratoire qui l’a accueilli.
Les équipes de SABNP sont en effet expertes en biologie structurale et ont développé une spécialité à la fois scientifique et technologique sur la question complexe des interactions ARN-protéines.
Depuis un an, Partho Sarothi Ray est aidé pour ses recherches par une ingénieure, Chloé Viguier, recrutée grâce au financement ATIGE. Ses premiers travaux lui donnent matière à se porter candidat à d’autres financements, notamment le prestigieux programme ERC récompensant l’excellence scientifique, ou encore le programme Impact Santé de l’Inserm, dédié à la recherche à haut risque, pour lequel il envisage de soumettre un projet monté en collaboration avec Alaksh Choudhury.
Être lauréat ATIGE ouvre à des interactions et de nouvelles collaborations !
Partho Sarothi Ray : « The ATIGE grant has been very helpfull in generating some preliminary data based on which I have applied for a very ambitious ERC European Research Council grant ».
Découvrez leur interview
Notre dispositif ATIGE en bref
ATIGE : Actions Thématiques Incitatives de Genopole
Le programme ATIGE est un dispositif central de soutien à la recherche porté par Genopole.
Dans le cadre d’une politique ambitieuse, où 26 % du budget de Genopole est dédié aux activités scientifiques, ATIGE vise à consolider le positionnement de Genopole en tant que pôle majeur de recherche en sciences du vivant et à renforcer son attractivité.
Chaque année, un nouvel appel à candidatures permet de poursuivre la dynamique en favorisant l’installation de nouvelles équipes, dans des domaines à fort enjeu.
🙋 Qui peut candidater ?
- Des chercheurs titulaires (ou en passe de le devenir) dans un organisme public
qui souhaitent créer une équipe au sein d’une unité existante du biocluster
🤔 Pourquoi se porter candidat ?
- Avoir l’opportunité d’un tournant de carrière en obtenant les moyens de créer sa propre équipe
- Rejoindre un écosystème riche constitué de laboratoires académiques, d’entreprises biotech et d’un centre hospitalier
- Accéder à des plateformes technologiques de pointe
💶 Quel financement ?
- Montant : 250 000 € (HT)
- Durée : 3 ans
- Utilisation : Recrutement de personnels (techniciens, ingénieurs, doctorants, post-doctorants); Frais de fonctionnement du projet
🎯 Quel impact ?
- 37 équipes créées depuis le lancement du programme ATIGE, dont :
2 UMR créées et 7 lauréats devenus directeurs ou directrices d’unité. - Contribution à une production scientifique reconnue et au renforcement des axes stratégiques de Genopole
Le prochain appel à candidature est en mai 2026 !
Suivez nos communications pour ne pas rater le prohain appel >>>
Roxane Brachet, responsable Partenariats académiques à Genopole :
« Les Atiges soutiennent nos axes forts. Ils nous permettent de maintenir notre place de pôle majeur de R&D, en France et à l’international, sur des sujets comme le traitement des données génomiques, la bio-informatique, la thérapie génique et cellulaire, la bioproduction de ces thérapies innovantes, ou encore la biologie de synthèse et ses applications pour une bioéconomie durable« .
