Campus

Premier biocluster français, Genopole est un incubateur de projets d’excellence dédié aux biotechnologies. Situé à Evry-Courcouronnes, il offre un environnement unique aux chercheurs et aux entrepreneurs qui souhaitent innover et faire avancer la recherche.

Découvrir >

Offres

Que vous soyez chercheur, post-doctorant ou une jeune startup, Genopole vous accompagne à toutes les étapes de votre projet pour vous offrir les meilleures conditions possibles de développement business.

Découvrir >

Genopolitains

Chaque jour à Genopole chercheurs, entrepreneurs et étudiants se croisent, cohabitent et collaborent, pour une véritable émulation au service de l’innovation.

Découvrir >

Temps forts

Donner de l’envergure à la recherche et au travail de notre communauté fait aussi partie de nos missions à Genopole. Retrouvez les dernières avancées scientifiques, les succès des acteurs de la biotechnologie et les événements qui animent notre biocluster.

Découvrir >

Innover à nos côtés

Découvrir >

La bioinformatique au service de Tara Oceans


Une équipe du laboratoire de Génomique métabolique (Genoscope – CEA/CNRS/Université d’Evry) a mis au point une méthode bio-informatique d’analyse génomique environnementale capable de repérer les espèces et associations d’espèces.
© A.Deniaud - Tara Expéditions © A.Deniaud - Tara Expéditions

Appliquée aux données de l’expédition Tara Oceans, elle ouvre l’accès aux fonctions biologiques et au rôle écologique des espèces eucaryotes de plancton océanique. Ces travaux ont été publiés dans la revue Genome Research.

La métagénomique permet d’étudier, de manière globale et en une seule analyse, l’ADN de tous les micro-organismes présents dans un milieu comme l’eau, le sol, notre propre corps…
Pour l’expédition Tara Oceans, elle a permis de découvrir l’univers complexe du plancton, en analysant toute la communauté d’organismes présente dans chaque échantillon d’eau de mer. La métagénomique a ainsi révélé la richesse du monde planctonique et révélé des millions de gènes dont on découvre progressivement les fonctions.

Cependant, en analysant globalement l’ADN, une telle approche rend difficile l’identification et l’étude individuelle des espèces présentes, notamment pour les génomes complexes de grande taille comme ceux des espèces eucaryotes.

Identifier les gènes d’organismes individuels ou associés

Les chercheurs du laboratoire de Génomique métabolique ont mis au point une méthode bio-informatique qui permet d’identifier dans ce pool de gènes ceux qui appartiennent soit au même organisme, soit à des organismes intimement liés entre eux (parasite et son hôte, organismes symbiotiques…), en croisant données de métagénomique et de métatranscriptomique (ensemble des gènes transcrits, c’est-à-dire réellement exprimés par la communauté d’organismes). La méthode repose sur la quantification de l’abondance des gènes dans les échantillons. En effet, pour une espèce donnée, chacun de ces gènes varie en abondance en quantité équivalente entre plusieurs échantillons.
En étudiant le profil d’abondance des gènes, on parvient à rassembler ceux présents en même quantité et repérer ainsi l’ensemble des gènes d’un même organisme ou d’une association d’organismes.

Les chercheurs ont appliqué la méthode à un ensemble de plus de 37 millions de gènes identifiés à partir de 365 échantillons provenant de l’expédition Tara Oceans. Ils ont ainsi identifié plus de 900 groupes de gènes représentant des transcriptomes complets ou partiels d’organismes. Accéder à ces organismes, dont certains ne sont pas encore décrits, permet d’étudier leur biologie ainsi que leur rôle écologique. Les chercheurs projettent de s’intéresser aux cycles biogéochimiques majeurs comme le cycle du soufre, de l’azote, du phosphore…

Vers l’exploration biologique des données

Ils ont ainsi déjà découvert des organismes, notamment des microalgues du groupe des Chloropicon, qui produisent une enzyme clé du cycle du soufre. Elles métabolisent dans l’eau le DMSP (diméthyl sulfono-propionate), transformé dans l’atmosphère en un composé impliqué dans la formation des nuages. D’autres interactions océan – atmosphère – climat seront bientôt explorées. Une symbiose entre une cyanobactérie fixatrice d’azote et une algue unicellulaire, pour laquelle il n’existait jusqu’à présent aucune donnée génomique, a également été révélée par la méthode.

Grâce à cette approche, une porte s’ouvre vers de nouvelles voies d’exploration des multiples données du projet Tara Oceans.

Référence :
Transcriptome reconstruction and functional analysis of eukaryotic marine plankton communities via high-throughput metagenomics and metatranscriptomics. Genome Research (2020). doi : 10.1101/gr.253070.119

Article posté le 8 septembre 2020

Partager
Temps forts

Les dernières actualités


iGEM 2022

Genopole présent au premier iGEM Paris

Genopole, l’Université d’Evry Paris-Saclay et Grand Paris Sud ont participé à la première Grand Jamboree iGEM organisée en France, à Paris fin octobre 2022.

Découvrir
Genoscope - CNS - Genopole's laboratory

Genoscope : L’histoire de l’âne racontée par son génome

Le laboratoire Genoscope a participé à une étude génomique internationale retraçant pour la première fois la domestication de l’âne. L’animal, adapté aux longs déplacements et aux milieux semi-arides aurait été domestiqué dans la corne de l’Afrique il y a 7 000 ans, lors de la désertification de la région du Sahara. L’étude, qui révèle une histoire très différente de celle du cheval, rend ses lettres de noblesse à cet équidé moins majestueux, mais tout aussi utile à l’homme.

Découvrir
Welcome Session - 11 octobre 2022 - Venez rencontrer les nouveaux génopolitains et les dispositifs de Genopole

Genopole accueille 13 nouveaux projets et sociétés !

Jour de Welcome Session, mardi 11 octobre : temps fort pour Genopole qui accueille les nouveaux venus et les informe de l’architecture complète de son offre d’accompagnement ! Ensemble, les lauréats des programmes Shaker et Gene.iO, ainsi que la société EndoGene.Bio, nouvellement installée sur le campus, ont ensuite présenté leur innovation biotech devant le public génopolitain, première étape de mises en relation pour de futures collaborations.

Découvrir
Galaxy-SynBioCAD : accélérer l’arrivée de la chimie verte

Galaxy-SynBioCAD : accélération de la chimie verte

Conçu par l’unité de Génomique Métabolique, Galaxy-SynBioCAD accélère la conception et l’ingénierie biologique pour la production de composés chimiques de nouvelle génération

Découvrir
Table Ronde de Genopole Partnering Week 2022 - avec Irina Gbalou, Alain Huriez et José Castillo

#GPW Nos startups rencontrent investisseurs et industriels

Plus de 150 rendez-vous se sont tenus du 26 au 30 septembre, pendant les cinq jours de Genopole Partnering Week (#GPW) et d’autres suivront ! #GPW, pour un grand nombre de startups accompagnées par le biocluster, c’est l’accès aux plus grands groupes et investisseurs à l’affût d’innovations biotechs !

Découvrir
Appel à idées Genopole / CHSF

Appel à idées innovantes : lancement de la 5e édition

Genopole lance l’Appel à idées innovantes #5, destiné aux personnels hospitaliers. 25 idées d’innovations ont déjà été initiées grâce à ce dispositif !

Découvrir
Equipe Sysfate de l'UMR 8030 - projet T-Fitness

T-FITNESS : Vers une solution pour traiter les tumeurs solides ?

L’équipe génopolitaine SysFate, dirigée par Marco Mendoza, participe au projet international T-FITNESS, lancé le 1er septembre 2022. Le projet a été sélectionné par le Conseil européen de l'innovation pour relever l'un des principaux obstacles à la réussite des thérapies par cellules T contre les tumeurs solides, l'« épuisement » de ces cellules.

Découvrir
Ynsect & Genoscope : Vers la sélection génomique des insectes d’élevage

Vers la sélection génomique des insectes d’élevage

La France est historiquement une terre d’élevage. Filières bovine, laitière, ovine, porcine, avicole sont représentées sur l’hexagone. Avec le projet de sélection génomique du scarabée Tenebrio molitor, lancé par la société génopolitaine Ÿnsect en associant le centre de séquençage Genoscope, la France devient pionnière dans la filière entomocole : l’élevage d’insectes.

Découvrir
Conférence ScanBalt - Vers une infrastructure européenne partagée des données de santé

Conférence : Vers un espace européen des données de santé

A l’occasion de la présidence française du Conseil de l’Union européenne, le département Prospection et Partenariats de Genopole a organisé le mercredi 8 juin 2022, en collaboration avec le cluster des régions de la mer Baltique Scanbalt, une conférence au format hybride : "Vers une infrastructure européenne partagée des données de santé, interopérabilité et valorisation".

Découvrir
Anova Plus - entreprise génopolitaine

Anova-Plus diagnostique les « ennemis » des plantes

Anova-Plus développe et commercialise des tests ADN pour diagnostiquer les parasites des vignes, de pommes de terre, blés, oliviers, maïs … Directement utilisables dans les champs, les tests donnent un résultat en moins d’une heure en identifiant génétiquement les variants des « ennemis des plantes » et leur résistance aux pesticides, Anova-Plus évite les traitements inefficients à grande échelle, contribuant ainsi à la transition agroécologique.

Découvrir
Couverture de la revue Cell Genomics - Le plancton

Genoscope : Une prouesse pour l’étude de la vie planctonique

Genoscope contribue à une étude pionnière, en reconstituant les génomes de 700 espèces planctoniques eucaryotes à partir d’échantillons d’eau de mer du monde entier. Une première pour les génomes complexes et de grande taille de ces espèces, de surcroît impossibles à isoler et cultiver à partir des échantillons !

Découvrir
Logos Istem & Généthon

2 médicaments pour traiter des myopathies et la mucoviscidose

Les laboratoires I-Stem et Généthon ont identifié une combinaison pharmacologique prometteuse contre 3 maladies génétiques aux mécanismes moléculaires proches.

Découvrir
La team Algama

Algama lauréate d’i-nov remplace les œufs par les algues

L’objectif du projet Talgama, lauréat de l'appel à projets "Protéines et ferments du futur" est d’explorer de nouvelles sources d’algues, d’élaborer de nouveaux procédés d’extraction et d’élargir sa gamme d’ingrédients Tamalga substituts aux œufs dans l’alimentation. Gaëtan Gohin, co-fondateur de Algama, nous en dit plus…

Découvrir
DIM BioConvS - Région Île-de-France

Un réseau pour accélérer le « Made in biology »

Genopole participe au DIM BioConvergence pour la Santé, retenus par la Région Ile-de-France pour accélérer l’arrivée de nouveaux produits « Made in biology ».

Découvrir
IBISC - IA qui diagnostique et explique grâce à un réseau de neurones

Une intelligence artificielle qui diagnostique et explique

Le laboratoire IBISC a conçu un réseau de neurones qui accompagne la prédiction diagnostique d’une explication biologique grâce à une architecture innovante

Découvrir
Christophe Lanneau

Du nouveau dans le génome humain

Le Science du 31 mars annonce la publication de la séquence du génome humain complétée des 8% qui manquaient. Commentaires de Christophe Lanneau, directeur Recherche de Genopole.

Découvrir
Biomédé - entreprise généopolitaine

Avec « Mangeons durable », Biomédé interpelle les politiques

Ludovic Vincent, PDG de la startup Biomédé, est membre du collectif « Mangeons durable ». L’objectif : interpeller les candidats à la présidentielle, sur la nécessité de transformer en profondeur le modèle agricole, de « garantir une transition agro-écologique juste et une alimentation saine et responsable ».

Découvrir
CNRGH - recherche sur les conséquences à l'exposition aux phtalates

Conséquences de l’exposition aux phtalates pendant la grossesse

Le laboratoire Epigénétique et Environnement du CNRGH (Centre national de recherche en génomique humaine, CEA) a participé à une vaste étude collaborative révélant pour la première fois à l’échelle du génome entier la corrélation entre l’exposition aux phtalates pendant la grossesse et la méthylation de l’ADN placentaire.

Découvrir
Global Bioenergies - entreprise génopolitaine - logo 2022

GBE : une nouvelle molécule biosourcée pour verdir l’industrie

Global Bioenergies annonce la production d’une nouvelle molécule d’intérêt industriel. C’est la première fois que l’acide prénique est produit à partir de ressources renouvelables. Le procédé de production a été développé en laboratoire et porté jusqu’à la pleine taille industrielle en 2021.

Découvrir
Saaidi Pierre-Loïc - Genoscope - Chlordecone

Pierre-Loïc Saaidi intervient à l’OPECST en tant qu’expert

Le chercheur Pierre-Loïc Saaidi (Genoscope) est intervenu le 17 février à l’OPECST sur la chlordécone dans les sols antillais et les perspectives de décontamination.

Découvrir
Voir tout >
Avec le soutien de