Campus

Premier biocluster français, Genopole est un incubateur de projets d’excellence dédié aux biotechnologies. Situé à Evry-Courcouronnes, il offre un environnement unique aux chercheurs et aux entrepreneurs qui souhaitent innover et faire avancer la recherche.

Découvrir >

Offres

Que vous soyez chercheur, post-doctorant ou une jeune startup, Genopole vous accompagne à toutes les étapes de votre projet pour vous offrir les meilleures conditions possibles de développement business.

Découvrir >

Genopolitains

Chaque jour à Genopole chercheurs, entrepreneurs et étudiants se croisent, cohabitent et collaborent, pour une véritable émulation au service de l’innovation.

Découvrir >

Temps forts

Donner de l’envergure à la recherche et au travail de notre communauté fait aussi partie de nos missions à Genopole. Retrouvez les dernières avancées scientifiques, les succès des acteurs de la biotechnologie et les événements qui animent notre biocluster.

Découvrir >

Innover à nos côtés

Découvrir >

Bioproduire grâce aux bactéries – Comment moduler l’expression des gènes chez les Clostridia ?


Le chercheur Andrew Tolonen et son équipe nouvellement créée grâce au programme Atige* de Genopole, ont développé un ensemble d’outils biotechnologiques pour la transformation génétique et le contrôle de l’expression des gènes chez les bactéries du genre Clostridium.
Equipe ATIGE d'Andrew Tolonen au sein de l'unité de Génomique métabolique du Genoscope - Tutelles CEA / CNRS / Université d'Evry - Paris-Saclay Equipe ATIGE d'Andrew Tolonen au sein de l'unité de Génomique métabolique du Genoscope - Tutelles CEA / CNRS / Université d'Evry - Paris-Saclay

Ces travaux ouvrent la voie à des applications de production par voie biologique. Les Clostridia, capables de fermenter la biomasse végétale, notamment les fibres lignocellulosiques présentes dans les débris végétaux, pourraient ainsi produire des molécules à haute valeur ajoutée comme des médicaments ou autres composés d’intérêt.

Clostridium phytofermentansL’équipe d’Andrew Tolonen, composée de Tom Zaplana (doctorant), Ali Khazem (Master 2, mSSB Univ Evry Paris-Saclay), Magali Boutard (technicienne supérieure), Paul Weimer (Master 2, mSSB Univ Evry Paris-Saclay), Solange Miele (chercheure),  installée dans l’Unité de Génomique métabolique (CEA/CNRS/Université d’Evry Paris-Saclay) du laboratoire Genoscope, a développé une approche méthodique pour optimiser l’ingénierie génétique de Clostridium phytofermentans, utilisée ici comme espèce modèle pour une application plus large au genre Clostridium. Le groupe de scientifiques a tout d’abord optimisé la transformation génétique de la bactérie, puis recherché les moyens de moduler l’expression des gènes d’intérêt apportés.

Clostridium phytofermentans est capable d’utiliser comme substrat la lignocellulose contenue dans les fibres végétales et de la transformer en différents composés. Les travaux des chercheurs génopolitains ont apporté à cette bactérie les outils biotechnologiques et les méthodes qui faisaient défaut pour valoriser cette propriété pour des applications de bioproduction.

La boîte à outils créée par l’équipe évryenne comprend :

  • Une méthode simple d’électroporation permettant l’entrée à travers la paroi bactérienne de l’ADN portant le gène d’intérêt, sous l’effet d’un courant électrique.
  • Des plasmides, éléments d’ADN circulaire dans lesquels le fragment d’ADN peut être inséré, jouant ainsi le rôle de vecteurs, sélectionnés pour optimiser la transformation de Clostridium phytofermentans.
  • Des gènes de résistance à des antibiotiques, dits « marqueurs », fonctionnels chez les Clostridia pour sélectionner les bactéries correctement transformées en les cultivant sur des milieux complémentés de ces antibiotiques.
  • Un ensemble de promoteurs dont l’insertion en amont du gène d’intérêt active de 4 à 2000 fois son expression.
  • Un promoteur modulant l’expression du gène sous l’action double d’un répresseur chimique et d’un inhibiteur de répression, en ajustant leurs concentrations respectives.
  • Un système dit « d’interférence » reposant sur le complexe Crispr-dCas12, réunissant ces éléments régulateurs pour pouvoir expérimentalement contrôler de manière coordonnée l’expression des gènes apportés à la bactérie et des gènes assurant son métabolisme ; le complexe Crispr-Cas connu pour couper l’ADN en un site bien précis utilise ici la même technique de guidage pour réprimer spécifiquement l’expression d’un gène.

Le set complet de méthodes et outils d’ingénierie génétique développé par l’équipe évryenne ouvrent des perspectives de régulation fine de l’expression des gènes chez les Clostridia. Ces bactéries sont prometteuses pour transformer les ressources de carbone renouvelables, notamment la biomasse végétale, en molécules d’intérêt. Il serait ainsi envisageable de moduler différentiellement l’expression des gènes naturels de la bactérie pour surexprimer un gène particulier, produisant une protéine utile pour l’industrie, ou d’insérer un gène d’intérêt et réprimer les gènes métaboliques naturels de la bactérie au profit de ce gène.

Développer de bioprocédés d'intérêt industriel


Ces travaux ont fait l’objet d’une publication dans ACS Synthetic Biology le 25 novembre 2022. Ils constituent une base pour le développement de bioprocédés de production de molécules d’intérêt industriel, un axe majeur de la filière stratégique de la bioéconomie à Genopole.

Références

Tuning of Gene Expression in Clostridium phytofermentans Using Synthetic Promoters and CRISPRi

ACS Synthetic Biology, 2022.

https://doi.org/10.1021/acssynbio.2c00385

Schéma de synthèse : Une boîte à outils biotechnologiques adaptée aux bactéries Clostridia. Une boîte à outils biotechnologiques adaptée aux bactéries Clostridia. UMR Metabolic Genomics - Genoscope

  • Elle fournit une méthode d’électroporation, des plasmides (boucle grise d’ADN circulaire sur le schéma) à intégrer dans la bactérie via cette méthode et les marqueurs de sélection nécessaires au tri des bactéries effectivement transformées.
  • Elle propose aussi un ensemble d’outils génétiques que l’on peut insérer dans le plasmide pour moduler l’expression du gène d’intérêt ou « gène cible » (« target » sur le schéma). La figure ci-dessus en présente un exemple : la transcription d’un ADN « guide » inséré dans le plasmide produit un ARN guide capable de s’accrocher à la protéine produite par un 2e gène apporté, dCas12a. Le complexe ainsi formé se fixe spécifiquement sur le promoteur du gène cible et en réprime l’expression.
  • L’expression du dCas12a est contrôlable par le répresseur tetR, intégré lui aussi à la construction génétique. Ce dernier se fixe sur le promoteur de dCAS12a. L’ensemble est modulable expérimentalement par l’apport dans le milieu de culture de la molécule aTc en plus ou moins grande quantité.

Ce schéma peut être reproduit avec différents guides pour s’étendre à plusieurs gènes cibles, les gènes propres à la bactérie ou les gènes d’intérêt apportés.

🎙 Lire l’article et écouter le podcast d’Andrew Tolonen

Une nouvelle équipe de recherche en biologie de synthèse à Genopole, pour répondre au défi majeur de la production biosourcée

  • En savoir plus sur le dispositif financier ATIGE

    ATIGE : « Action thématique incitative de Genopole » offrant à des chercheurs les moyens d’intégrer un laboratoire académique du biocluster et d’y créer une nouvelle équipe de recherche.

    Le dispositif ATIGE contribue à l’émergence de futurs leaders scientifiques et de nouvelles thématiques scientifiques sur le biocluster.

    Découvrir le programme Atige

Partager
Temps forts

Les dernières actualités


COBIOE - Connection for bioproduction ecosystems - Projet européen porté par Genopole

Lancement du projet européen COBIOE

Genopole a ouvert officiellement le mardi 7 mars 2023 à Bruxelles le projet COBIOE, retenu par l’Europe dans le cadre du programme « European Innovation Ecosystems ». Coordonné par Genopole, COBIOE a l’ambition de construire une stratégie européenne commune et inclusive pour renforcer la filière de la bioproduction en santé.

Découvrir
Floating Genes dirigée par Dipanwita Biswas (à gauche) et Gabriel Lerebours (à droite) Photo : ©Jérôme Figea

Floating Genes – la détection précoce des cancers

Floating Genes a l’ambition de faciliter la détection de cancers à partir d’une simple prise de sang. Dipanwita Biswas, présidente et directrice scientifique de la société, nous en dit plus sur cette technologie ultra-sensible qui ouvre de nouvelles perspectives au diagnostic précoce du cancer.

Découvrir
Partenaires du projet GenoTher - réponse à l'AMI Bioclusters

Genopole membre fondateur du projet GenoTher de l’AMI Bioclusters

La mission principale de GenoTher sera de développer des plateformes et des technologies de thérapie génique basées sur l'édition de gènes de l'ADN et de  l'ARN pour accélérer le développement de nouvelles approches thérapeutiques des maladies rares.

Découvrir
• PITCH, « Plateforme d’Investigation de Thérapeutiques sur Cellules Humaines » Portée par l'I-stem et l'Université d'Evry Paris-Saclay

SESAME Filières France 2030

Parmi les 3 projets lauréats du 2e appel « SESAME filières France 2030 », retenus le 14 février 2023 par l’Etat et la Région Ile-de-France pour renforcer les filières stratégiques franciliennes, deux sont portés par des acteurs génopolitains et des partenaires du biocluster.

Découvrir
Logo Lambe - laboratoire génopolitain

Lambe : Détecter des biomarqueurs par un nanopore naturel

Une équipe du laboratoire génopolitain Lambe, en collaboration avec le Centre de ressources biologiques de l’hôpital Lariboisière et la start-up Dreampore, a démontré le potentiel d’un nanopore naturel pour détecter des biomarqueurs de troubles de la coagulation associés aux AVC et cancers.

Découvrir
L'équipe Yeasty s'installant au bâtiment B7 du biocluster Genopole

Yeasty transforme les levures de bière pour l’industrie

Yeasty, installée à Genopole, a mis au point un procédé technologique inédit qui permet de valoriser un coproduit de l’industrie brassicole pour les besoins de l’industrie alimentaire. Juan Londono, directeur des opérations de Yeasty, nous en dit plus.

Découvrir
Remise des diplômes de l'IMT - 2022 - ©IMT

IMT : De nouveaux diplômés pour les métiers en biotechnologies

L’établissement évryen du Groupe IMT, spécialiste de la formation pour les industries pharmaceutiques et biotechnologiques, a organisé le 19 janvier à Genopole un événement pour la remise de ses diplômes.

Découvrir
Genoscope - CNS - Genopole's laboratory

Genoscope : Un atlas de 5000 génomes marins

Genoscope participe à Atlasea, un vaste projet PEPR de séquençage du génome de 5000 espèces marines des côtes françaises métropolitaines et d’outre-mer.

Découvrir
Appel à idées innovantes - Genopole et le Groupement hospitalier de territoire Ile-de-France Sud - Innovation hospitalière

8 nouvelles idées utiles aux patients – Appel à idées #5

La 5e édition de l’Appel à idées innovantes de Genopole retient 8 nouvelles idées d’innovation biomédicale imaginées par les personnels du Groupement hospitalier de territoire Ile-de-France Sud.

Découvrir
l’équipe « Dystrophies musculaires progressives » du laboratoire Généthon

Lumière sur un mécanisme clé de la myopathie de Duchenne

Une équipe de Généthon livre une vision nouvelle du dysfonctionnement mitochondrial dans la DMD, impliquant un mécanisme de dérégulation génétique complexe.

Découvrir
CNRGH - 3 sites génomiques associés à l'hypertension arterielle

CNRGH – 3 sites du génome associés à l’hypertension artérielle

Le CNRGH et la PARCC révèlent trois loci associés au risque de développer l'hyperaldostéronisme primaire, forme la plus fréquente d'hypertension artérielle secondaire.

Découvrir
iGEM 2022

Genopole présent au premier iGEM Paris

Genopole, l’Université d’Evry Paris-Saclay et Grand Paris Sud ont participé à la première Grand Jamboree iGEM organisée en France, à Paris fin octobre 2022.

Découvrir
Genoscope - CNS - Genopole's laboratory

Genoscope : L’histoire de l’âne racontée par son génome

Le laboratoire Genoscope a participé à une étude génomique internationale retraçant pour la première fois la domestication de l’âne. L’animal, adapté aux longs déplacements et aux milieux semi-arides aurait été domestiqué dans la corne de l’Afrique il y a 7 000 ans, lors de la désertification de la région du Sahara. L’étude, qui révèle une histoire très différente de celle du cheval, rend ses lettres de noblesse à cet équidé moins majestueux, mais tout aussi utile à l’homme.

Découvrir
Welcome Session - 11 octobre 2022 - Venez rencontrer les nouveaux génopolitains et les dispositifs de Genopole

Genopole accueille 13 nouveaux projets et sociétés !

Jour de Welcome Session, mardi 11 octobre : temps fort pour Genopole qui accueille les nouveaux venus et les informe de l’architecture complète de son offre d’accompagnement ! Ensemble, les lauréats des programmes Shaker et Gene.iO, ainsi que la société EndoGene.Bio, nouvellement installée sur le campus, ont ensuite présenté leur innovation biotech devant le public génopolitain, première étape de mises en relation pour de futures collaborations.

Découvrir
Galaxy-SynBioCAD : accélérer l’arrivée de la chimie verte

Galaxy-SynBioCAD : accélération de la chimie verte

Conçu par l’unité de Génomique Métabolique, Galaxy-SynBioCAD accélère la conception et l’ingénierie biologique pour la production de composés chimiques de nouvelle génération

Découvrir
Table Ronde de Genopole Partnering Week 2022 - avec Irina Gbalou, Alain Huriez et José Castillo

#GPW Nos startups rencontrent investisseurs et industriels

Plus de 150 rendez-vous se sont tenus du 26 au 30 septembre, pendant les cinq jours de Genopole Partnering Week (#GPW) et d’autres suivront ! #GPW, pour un grand nombre de startups accompagnées par le biocluster, c’est l’accès aux plus grands groupes et investisseurs à l’affût d’innovations biotechs !

Découvrir
Appel à idées Genopole / CHSF

Appel à idées innovantes : lancement de la 5e édition

Genopole lance l’Appel à idées innovantes #5, destiné aux personnels hospitaliers. 25 idées d’innovations ont déjà été initiées grâce à ce dispositif !

Découvrir
Equipe Sysfate de l'UMR 8030 - projet T-Fitness

T-FITNESS : Vers une solution pour traiter les tumeurs solides ?

L’équipe génopolitaine SysFate, dirigée par Marco Mendoza, participe au projet international T-FITNESS, lancé le 1er septembre 2022. Le projet a été sélectionné par le Conseil européen de l'innovation pour relever l'un des principaux obstacles à la réussite des thérapies par cellules T contre les tumeurs solides, l'« épuisement » de ces cellules.

Découvrir
Ynsect & Genoscope : Vers la sélection génomique des insectes d’élevage

Vers la sélection génomique des insectes d’élevage

La France est historiquement une terre d’élevage. Filières bovine, laitière, ovine, porcine, avicole sont représentées sur l’hexagone. Avec le projet de sélection génomique du scarabée Tenebrio molitor, lancé par la société génopolitaine Ÿnsect en associant le centre de séquençage Genoscope, la France devient pionnière dans la filière entomocole : l’élevage d’insectes.

Découvrir
Conférence ScanBalt - Vers une infrastructure européenne partagée des données de santé

Conférence : Vers un espace européen des données de santé

A l’occasion de la présidence française du Conseil de l’Union européenne, le département Prospection et Partenariats de Genopole a organisé le mercredi 8 juin 2022, en collaboration avec le cluster des régions de la mer Baltique Scanbalt, une conférence au format hybride : "Vers une infrastructure européenne partagée des données de santé, interopérabilité et valorisation".

Découvrir
Voir tout >
Avec le soutien de