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Genoscope – Le génome du bananier comble ses lacunes


Le centre national de séquençage Genoscope et une équipe du Cirad ont réussi pour la première fois à séquencer des chromosomes du bananier Musa acuminata d’une extrémité à l’autre, sans aucune séquence manquante, grâce à la technologie Nanopore.
Les bananeraies des Antilles françaises Les bananeraies des Antilles françaises

Dans le domaine du séquençage des génomes, un cap a été franchi !
L’initiative a démarré sur le génome humain en 2019 avec la naissance du consortium scientifique  » Telomere-to-telomere « , créé pour combler les lacunes qui persistaient encore dans la séquence ADN humaine.

L’objectif était de s’attaquer à chaque chromosome, en premier lieu le chromosome X, et de le déchiffrer d’une extrémité (appelée « télomère ») à l’autre, en utilisant la capacité de la technologie Oxford Nanopore à lire des séquences de très longues tailles, jusqu’à 1 million de bases.

Technologie Nanopore pour le séquençageLes chercheurs de Genoscope et du Cirad ont utilisé le séquenceur PromethION d’Oxford Nanopore Technologies. La méthode consiste à forcer le passage des fragments d’ADN dans un pore de l’ordre du nanomètre de diamètre, traversé par un champ électrique. La mesure du courant électrique, modifié spécifiquement au passage de chaque base A, T, G ou C, permet de déchiffrer progressivement la séquence d’ADN.
Sur les 11 chromosomes du bananier, 5 ont été ainsi intégralement séquencés par le groupe de chercheurs, sans laisser aucune région indéterminée. Ce succès a fait l’objet d’une publication dans Communication Biology en septembre 2021.

Décrypter en détail le génome du bananier représente un enjeu pour l’alimentation de tous et pour l’économie de nombreux pays. En particulier, la présente étude a révélé une structure plus complexe que celle connue jusque-là dans des régions du génome impliquées dans la reconnaissance d’agents pathogènes. Pour cette culture sensible à plusieurs maladies comme la cercosporiose et la fusariose, ce résultat ouvre la perspective de découvrir des gènes de résistance.

Référence

Telomere-to-telomere gapless chromosomes of banana using nanopore sequencing.

Communications Biology (2021)
https://doi.org/10.1038/s42003-021-02559-3

Article posté le 16 décembre 2021

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