Premier biocluster français, Genopole est un incubateur de projets d’excellence dédié aux biotechnologies. Situé à Evry-Courcouronnes, il offre un environnement unique aux chercheurs et aux entrepreneurs qui souhaitent innover et faire avancer la recherche.
Découvrir >Que vous soyez chercheur, post-doctorant ou une jeune startup, Genopole vous accompagne à toutes les étapes de votre projet pour vous offrir les meilleures conditions possibles de développement business.
Découvrir >Chaque jour à Genopole chercheurs, entrepreneurs et étudiants se croisent, cohabitent et collaborent, pour une véritable émulation au service de l’innovation.
Découvrir >Donner de l’envergure à la recherche et au travail de notre communauté fait aussi partie de nos missions à Genopole. Retrouvez les dernières avancées scientifiques, les succès des acteurs de la biotechnologie et les événements qui animent notre biocluster.
Découvrir >Le 26 septembre, à Genopole, MicroScope réunira sa communauté d’utilisateurs pour célébrer ses 20 ans. Six orateurs invités partageront leur expérience sur la plateforme et l’équipe LABGeM révèlera les derniers développements méthodologiques pour la pangénomique.
MicroScope est une plateforme bioinformatique unique en France et en Europe, qui offre aux biologistes des outils puissants et des ressources pour approfondir leurs recherches en génomique microbienne, notamment pour comprendre le métabolisme des bactéries et en explorer le potentiel. Issue des recherches de l’équipe LABGeM (Genoscope), elle fait partie des 25 plateformes mutualisées de Genopole.
L’équipe LABGeM (Laboratoire d’analyses bio-informatiques pour la génomique et le métabolisme) a été créée en 2001 par Claudine Médigue, au sein du centre national de séquençage Genoscope, grâce au dispositif ATIGE* de Genopole dont la chercheuse était lauréate.
Portée par la dynamique des activités de séquençage du Genoscope et de nombreuses collaborations avec des microbiologistes désirant analyser le génome de leurs bactéries modèles, l’équipe développe à partir de 2002 une plateforme d’annotation collaborative de génomes microbiens (nommée MaGe pour “Magnifying Genomes” puis MicroScope à partir de 2007).
MicroScope est une plateforme Web dédiée à l’annotation et à l’exploration des génomes procaryotes. Elle offre aux microbiologistes les outils pour réaliser des analyses de génomique comparée ou de pangénomique (étude de l’ensemble des gènes d’une espèce), et pour explorer le métabolisme d’organismes d’intérêt. La plateforme prend en charge l’intégration de génomes et de métagénomes nouvellement assemblés (c’est à-dire reconstitués à partir des résultats de séquençage d’ADN environnemental). Elle fournit également des services d’analyse à haut débit pour les études d’expression des gènes par transcriptomique et pour la recherche de variants. L’interface utilisateur de MicroScope permet un travail collaboratif bénéficiant d’un grand nombre d’outils de génomique comparée, permettant ainsi d’ améliorer la « curation » (gestion/traitement/standardisation) des données par la communauté, et ainsi faciliter l’exploration des résultats stockés dans la base de données.
Depuis sa première publication en 2006 (Vallenet et al. 2006), la plateforme a régulièrement été enrichie de données et de fonctionnalités nouvelles. Les évolutions de la plateforme MicroScope ont fait l’objet de 5 publications (plus de 1600 citations depuis 2006) et ont été présentées dans plus de 30 conférences en France et à l’étranger. Les membres du laboratoire ont également été impliqués dans plus de 150 publications collaboratives dans divers domaines d’applications comme la génomique environnementale, l’épidémiologie et la santé avec l’étude de bactéries pathogènes de l’homme ou celles de nos microbiotes, ou encore les biotechnologies. Ainsi, la découverte de nouvelles fonctions et activités enzymatiques bactériennes peut donner lieu au développement de procédés, notamment de dépollution ou de production biologique de composés d’intérêt.
Aujourd’hui, la plateforme MicroScope est dirigée par David Vallenet et Alexandra Calteau au sein du laboratoire LABGeM du Genoscope (UMR8030 Génomique Métabolique, CEA/CNRS/Université d’Evry Paris-Saclay).
« MicroScope est utilisée par une large communauté internationale de microbiologistes académiques : plus de 6700 comptes sont créés, dont 65% sont enregistrés à l’étranger » mentionne Alexandra Calteau. « Elle a contribué à l’analyse de plus de 25 000 génomes microbiens » précise-t-elle.
Plusieurs entreprises privées y ont également recours dans le cadre de prestations de service ou de projets de recherche collaboratifs.
MicroScope fait partie des 25 plateformes labellisées Genopole.
Elle est membre de l’Institut Français de Bioinformatique et associée à l’infrastructure France Génomique. Genopole soutient son activité, mutualisée aux acteurs du biocluster et à la communauté scientifique, par des investissements réguliers en matériels informatiques, à hauteur de 100 000 euros par exemple pour les quatre dernières années.
Les 20 ans de MicroScope seront fêtés le 26 septembre 2023 dans la salle Elyseum de Genopole, autour d’orateurs partageant leur expérience d’utilisateur et de la présentation par le laboratoire des nouvelles méthodes développées. Il sera retransmis en direct.
ATIGe : « Action thématique incitative de Genopole » offrant à des chercheurs les moyens d’intégrer un laboratoire académique du biocluster et d’y créer une nouvelle équipe de recherche.
Le dispositif ATIGe contribue à l’émergence de futurs leaders scientifiques et de nouvelles thématiques scientifiques sur le biocluster.
