Le biocluster Genopole est constitué de deux structures gouvernantes :

- Le Gip Genopole qui structure et anime le biocluster : créé en 1998 sous la forme d’une association loi 1901, Genopole est devenu, le 1er mars 2002, un Groupement d’intérêt public (Gip), renouvelé en mars 2014 pour une nouvelle période de douze ans.
- La Sem Genopole qui gère une partie de l’immobilier du site (hors pépinière) : société d’économie mixte créée en 2002.