Campus

Premier biocluster français, Genopole est un incubateur de projets d’excellence dédié aux biotechnologies. Situé à Evry-Courcouronnes, il offre un environnement unique aux chercheurs et aux entrepreneurs qui souhaitent innover et faire avancer la recherche.

Découvrir >

Offres

Que vous soyez chercheur, post-doctorant ou une jeune startup, Genopole vous accompagne à toutes les étapes de votre projet pour vous offrir les meilleures conditions possibles de développement business.

Découvrir >

Genopolitains

Chaque jour à Genopole chercheurs, entrepreneurs et étudiants se croisent, cohabitent et collaborent, pour une véritable émulation au service de l’innovation.

Découvrir >

Temps forts

Donner de l’envergure à la recherche et au travail de notre communauté fait aussi partie de nos missions à Genopole. Retrouvez les dernières avancées scientifiques, les succès des acteurs de la biotechnologie et les événements qui animent notre biocluster.

Découvrir >

Innover à nos côtés

Découvrir >
Temps forts

Covid: tout ce qu’on sait dans une carte interactive unique


Dr. Anna Niarakis, enseignant-chercheur en bio-informatique et biologie computationnelle des systèmes au laboratoire génopolitain GenHotel (Université d’Evry), fait partie des quatre chercheurs qui coordonnent le projet international COVID-19 Disease Map.
COVID-19 Disease Map >
COVID-19 Disease Map COVID-19 Disease Map

Répondant à l’appel lancé par la communauté Disease Maps, près de 200 scientifiques de plus de 100 institutions et 24 pays ont actuellement rejoint le projet.
L’objectif est de réunir dans un seul référentiel l’ensemble des connaissances scientifiques sur les interactions entre le coronavirus SARS-CoV-2 et le corps humain, et d’aider ainsi à l’identification de pistes thérapeutiques.

Ce grand projet collaboratif a abouti à une plateforme accessible à l’ensemble de la communauté scientifique, qui s’enrichit au fur et à mesure de l’avancée des connaissances sur le Covid-19. La plateforme compile, sous forme de carte interactive, l’ensemble des données disponibles sur les interactions moléculaires entre le virus et notre organisme, et leur rôle dans les mécanismes complexes de la maladie : processus d’infection, voies biologiques et types de cellules affectés, prolifération virale, réponse inflammatoire… L’objectif est de gagner en efficacité pour améliorer notre compréhension du Covid-19 et accélérer le développement de diagnostics et de thérapies.

Responsable de l’axe Modélisation du projet, Anna Niarakis utilisera l’outil de modélisation dynamique qu’elle a développé avec l’INRIA sur la polyarthrite rhumatoïde au sein du laboratoire GenHotel. Il permet de tester virtuellement l’effet de perturbations sur l’évolution de la maladie, notamment la prolifération virale, la mort cellulaire, l’inflammation. En croisant de telles analyses aux bases de données sur les médicaments, il sera possible d’identifier des candidats médicaments.

Covid-19 Disease Map - logo

COVID-19 Disease Map

La plate-forme COVID-19 Disease Map permet l’exploration visuelle et les analyses informatiques des mécanismes moléculaires impliqués dans l’entrée du coronavirus SARS-CoV-2, sa multiplication, ses interactions avec notre organisme, ainsi que la réponse immunitaire et la récupération des cellules humaines. Le défi est d’associer vitesse et qualité dans la course contre cette pandémie sans précédent ! Il s’agit de recueillir des données exhaustives, mais aussi de contrôler leur fiabilité à un moment où les pré-publications sur le Covid-19 se multiplient. Bio-informaticiens organisent et exploitent la richesse des informations, puis biologistes, virologues, cliniciens vérifient les modèles.

COVID-19 Disease Map couvre toutes les expertises

Ainsi, la participation active de près de 200 scientifiques couvre tous les champs d’expertise nécessaires à la compréhension du Covid-19 :

  • Les aspects cliniques et moléculaires de la maladie,
  • La caractérisation des interactions moléculaires et la construction des diagrammes de biologie des systèmes représentant les mécanismes de la maladie,
  • L’exploration de la littérature médicale
  • L’intégration de diverses bases de données et les compétences bio-informatiques
  • La modélisation informatique pour analyser les perturbations liées aux maladies à l’aide d’approches de biologie des systèmes.

L’initiative : Mutualiser les compétences et les énergies pour relever les défis du Covid-19

Le projet COVID-19 Disease Map est un effort interdisciplinaire, impliquant des scientifiques aux expertises complémentaires pour relever les défis de la pandémie. Le projet bénéficie de la participation de groupes scientifiques de renommée internationale qui renforcent la communauté pour un large éventail de domaines scientifiques. Les différents axes du projet avancent en parallèle, grâce au travail bénévole et à l’enthousiasme des membres de la communauté COVID-19 Disease Map.

La participation massive de la communauté scientifique internationale à ce projet est un signal très positif pour l’avenir ! S’associer tous pour une même cause afin d’aboutir à un résultat concret, et aller plus vite contre la maladie.

Le laboratoire GenHotel participe activement à l’aventure

Quatre chefs de projet sont responsables de sa gestion et de son avancement : Dr. Marek Ostaszewski (Université de Luxembourg), Dr. Alexander Mazein (Université de Luxembourg), Dr. Inna Kuperstein (Institut Curie) et Dr. Anna Niarakis (Université d’Evry, Université Paris-Saclay).

Maître de conférence à l’Université d’Evry – Paris-Saclay et chercheure à GenHotel, laboratoire génopolitain dédié aux maladies complexes et à la polyarthrite rhumatoïde, Dr. Anna Niarakis est activement impliquée depuis l’origine du projet sur différents axes :

  • conception et gestion du projet,
  • construction de la carte,
  • développement des pipelines pour l’analyse des données, modélisation dynamique.

Avec Vidisha Singh, thèsarde à GenHotel et Sara Sadat Aghamiri, Ingénieure INSERM à l’Hopital Saint-Louis et à GenHotel, elles construisent des graphes des mécanismes biologiques impliqués dans la maladie en utilisant la notation SBGN (Systems Biology Graphical Notation Scheme) et les identifiants MIRIAM (Minimum Information Required In The Annotation of Models).
Elles s’appuient sur leur expertise pour la construction des cartes moléculaires à grande échelle, la carte de la polyarthrite rhumatoïde ayant été très récemment publiée (voir la carte).

Dr. Niarakis est également coordinatrice pour la partie « Bioinformatics analysis and computational modelling » du projet COVID-19 Disease Map. Le logiciel CaSQ, qu’elle développe avec Dr. Sylvain Soliman, équipe-projet Lifeware, INRIA-Saclay, récemment publié dans la revue Bioinformatics (lire l’article) est utilisé pour produire des modèles discrets exécutables à grande échelle à partir des cartes moléculaires.

Les missions du projet COVID-19 Disease Map en bref :

La carte moléculaire COVID-19 fournira :

  1. une ressource de haute qualité, complète et facilement accessible basée sur la conservation humaine ;
  2. des solutions intégrées d’exploration de texte et d’exploration de l’information assistée par l’IA pour une conservation et un enrichissement de contenus améliorés ;
  3. un accès libre, du contenu réutilisable et interopérable qui s’interface avec d’autres bases de données et référentiels de données ;
  4. une plate-forme d’analyse des données multi-omiques assistée par carte de la maladie, de réorientation des médicaments et de plateforme d’intégration des données cliniques ;
  5. un modèle mécaniste pour le développement de modèles informatiques pour des simulations in silico de perturbations combinées (KO, KI) et des prédictions de nouvelles cibles thérapeutiques ;
  6. un « hub » communautaire qui peut aider à développer des technologies de pointe pour les défis médicaux à venir.

En savoir plus sur COVID-19 Disease Map

Vous voulez contribuer au projet COVID-19 Disease Map

Article posté le 5 mai 2020

Partager
Temps forts

Les dernières actualités


Collecte de données diabète - DiatabaseM4P CERITD

CERITD – DIATABASE au service des patients diabétiques

Les premiers résultats d’un essai clinique de thérapie génique pour un déficit immunitaire sévère se révèlent très concluants.

Découvrir

LGRK – L’irradiation à faible dose : délétère pour l’épiderme en régénération

Le laboratoire génopolitain LGRK (CEA/Inserm) a révélé que de faibles doses d’irradiation suffisent à altérer un épiderme humain lorsqu’il est en régénération.

Découvrir
Histamine - schéma moléculaire

SABNP – Vue inédite sur un récepteur cellulaire d’intérêt thérapeutique

Les premiers résultats d’un essai clinique de thérapie génique pour un déficit immunitaire sévère se révèlent très concluants.

Découvrir
AB Science L. Gros

Sclérose en plaques et Covid-19 – AB Science

La biotech française, dirigée par Alain Moussy et dont le président du comité scientifique est Olivier Hermine, membre de l’Académie des Sciences, annonce depuis cet été une série de résultats positifs pour l’efficacité de son produit, le Masitinib, à l’endroit de plusieurs pathologies : la sclérose en plaques, l’asthme sévère non contrôlé par les cortico-stéroïdes oraux, la Covid-19, la sclérose latérale amyotrophique…

Découvrir
Intégrateur Magenta

Un nouveau label pour le développement des biomédicaments en France

Le projet Magenta porté par l’ART-TG (thérapie génomique) et le laboratoire CiTHERA (thérapie cellulaire), installés à Genopole, a été labellisé "intégrateur industriel" par le secrétariat général pour l’investissement dans le cadre du grand défi "Biomédicaments". L’objectif de ce grand défi est d’améliorer les rendements et de maîtriser les coûts de production de biothérapies innovantes

Découvrir
Université Paris Saclay 14e position du classement de Shanghai

Au top 15 du classement de Shanghai

L’Université Paris-Saclay, dont l’Université d’Evry est membre associée, accède à la 14e position du classement de Shanghai. C’est la première fois qu’un établissement d’enseignement supérieur français entre au top 15 !

Découvrir
Trophée startup numérique 2020

Coup de boost à l’innovation Healthtech

Genopole parraine le Trophée startup numérique organisé par l’incubateur IMT Starter des grandes écoles d’ingénieur et de management numérique d’Evry-Courcouronnes, Télécom SudParis, Ensiie et IMT Business School. Le lauréat de la catégorie HealthTech intégrera le programme Booster de Genopole pour accélérer sa croissance, entouré d’experts de la création d’entreprise.

Découvrir

Evaldépol innove avec un logiciel pour la dépollution industrielle

Evaldépol a conçu un logiciel innovant pour la dépollution des sites industriels : une solution pour faciliter les opérations de défrichage soutenues par le plan de relance du gouvernement récemment annoncé.

Découvrir
Placton - Tara Océans

La bioinformatique au service de Tara Oceans

Une équipe du laboratoire de Génomique métabolique (Genoscope – CEA/CNRS/Université d’Evry) a mis au point une méthode bio-informatique d’analyse génomique environnementale capable de repérer les espèces et associations d’espèces.

Découvrir
Globules rouges - Avancées scientifiques

Soigner les maladies sanguines et métaboliques – Integrare

L’équipe de l’unité Integrare dirigée par le Dr Amendola décrit dans la revue Nature Communications une stratégie innovante d’édition génomique visant à modifier les cellules souches hématopoïétiques, cellules à l’origine de toutes les cellules sanguines.

Découvrir
Istem - tests Covid

Tests Covid-19 : I-Stem dans les starting blocks

Cette première phase de tests, menée en parallèle avec l’hôpital pour valider une dernière fois la procédure, marque le démarrage du 1er centre de soutien aux laboratoires hospitaliers opérationnel en Ile-de-France.

Découvrir
Laboratoire métier - jeune femme devant une paillasse

Des tests indispensables à l’activité anti-COVID

Texcell, établissement pharmaceutique spécialiste de la sécurité virale, réalise depuis plus de 30 ans des prestations de sécurisation de médicaments biologiques.

Découvrir
Tests de surface Covid-19

Nouveau service anti-Covid

Les sociétés Wiratech, Anova-Plus et C4 diagnostics ont associé leurs expertises pour lancer une activité de services en analyse environnementale dans le cadre de la luttre contre le virus SARS-CoV-2.

Découvrir
Les actions anti-Covid du campus Genopole

Les actions Covid sur le territoire du biocluster

Genopole et tous les acteurs du territoire s'impliquent dans la lutte contre la Covid-19. Petit récapitulatif de ces actions.

Découvrir
Traiter plus de maladies par thérapie génique

Traiter plus de maladies par thérapie génique

Une équipe de Généthon parvient à inhiber la réponse immunitaire liée aux vecteurs viraux AAV et ouvre ainsi la possibilité de traiter plus de malades par thérapie génique.

Découvrir
Cellules bleues fond parme

Simuler les mécanismes biologiques

Le laboratoire génopolitain GenHotel (Université d’Evry), spécialiste de la polyarthrite rhumatoïde et des maladies complexes, et l’Inria (Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique) ont développé le logiciel CaSQ pour la modélisation dynamique des systèmes biologiques.

Découvrir
Covid illustration CP

COVID-19 et risque cardiaque des traitements

Le CHSF et le laboratoire IBISC ont mis au point un outil automatique qui calcule un score de risque cardiaque, que le praticien peut exploiter pour sa prescription médicale contre le COVID-19.

Découvrir
Webinaires organisés par Genopole

Sur le pont pour soutenir les entreprises

Mobilisé pour répondre aux besoins des entreprises innovantes en biotechnologie, Genopole Entreprises adapte sa mission d’accompagnement en cette période de forte turbulence

Découvrir
Laboratoire métier - jeune femme devant une paillasse

Jeunes, préparez l’avenir même en confinement – Onisep

LES METIERS DE LA BIOLOGIE Collégiens et lycéens intéressés par les sciences, Genopole et l’Onisep souhaitent vous aider pour préparer au mieux votre avenir malgré le confinement !

Découvrir
Integragen - séquençage

IntegraGen : Interview de Bernard Courtieu, PDG

IntegraGen renouvelle son partenariat avec l’Institut Pasteur, leader mondial dans le domaine des maladies infectieuses. IntegraGen a été choisi par l’Institut Pasteur pour son savoir-faire en matière de séquençage à haut débit. Bernard Courtieu, PDG d’IntegraGen nous en dit plus…

Découvrir
Voir tout >
Avec le soutien de