POSCOVD fait partie des sept projets lauréats de l’appel exceptionnel lancé par ce Domaine d’intérêt majeur (DIM) de la Région Ile-de-France pour combattre le coronavirus.
Marco Mendoza a créé fin 2018 son équipe de recherche au sein de l’Unité de Génomique métabolique (Genoscope – CEA / CNRS / Université d’Évry) grâce au financement ATIGE de Genopole et au soutien de l’Université d’Évry et de Télécom SudParis. Le laboratoire s’intéresse aux réseaux de régulation qui interviennent dans nos différents tissus et notamment lors de la formation du tissu nerveux.
Marco a mis son expertise des données génomiques et du big data au profit de la lutte anti-covid en proposant une méthode de séquençage massif des génomes.
Son projet POSCOVD vise à développer un test de diagnostic à très grande échelle par séquençage simultané d’un pool pouvant regrouper des milliers d’échantillons.
La méthode (cf. figure ci dessous) consistera à marquer les échantillons (ARNs extraits à partir de prélèvements nasopharyngés ou salivaires) par l’introduction de codes-barres moléculaires, puis de les mélanger pour les analyser non pas individuellement, mais en parallèle : les échantillons, en pool, sont amplifiés, puis séquencés par la technologie Oxford Nanopore, choisie pour son utilisation simple ne nécessitant pas de grands équipements de séquençage. Les échantillons positifs sont détectés par analyse bio-informatique des résultats.
L’équipe évaluera la sensibilité du dépistage par comparaison avec la méthode PCR de référence, estimera le nombre maximal d’échantillons analysables simultanément et testera la possibilité d’utiliser des séquenceurs de taille réduite (MinION Mk1C, open-qPCR) pour des tests réalisables hors grands laboratoires. En plus du bond significatif d’échelle des analyses, la méthode proposée, en faisant appel au séquençage des génomes de coronavirus, participe à la détection et la surveillance des variants.
