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POSCOVD : Un projet de diagnostic massif de la Covid-19


Marco Mendoza, responsable de l’équipe SysFate à Genopole, a présenté son projet POSCOVD de dépistage à très grande échelle de la Covid-19 à l’occasion du colloque « Innovative technologies to Fight SARS-CoV-2 », organisé le 20 janvier 2021 par le DIM Elicit.
Covid illustration CP Covid illustration CP

E Dim Elicit - logoPOSCOVD fait partie des sept projets lauréats de l’appel exceptionnel lancé par ce Domaine d’intérêt majeur (DIM) de la Région Ile-de-France pour combattre le coronavirus.

Marco Mendoza a créé fin 2018 son équipe de recherche au sein de l’Unité de Génomique métabolique (Genoscope – CEA / CNRS / Université d’Évry) grâce au financement ATIGE de Genopole et au soutien de l’Université d’Évry et de Télécom SudParis. Le laboratoire s’intéresse aux réseaux de régulation qui interviennent dans nos différents tissus et notamment lors de la formation du tissu nerveux.

Marco a mis son expertise des données génomiques et du big data au profit de la lutte anti-covid en proposant une méthode de séquençage massif des génomes.
Son projet POSCOVD vise à développer un test de diagnostic à très grande échelle par séquençage simultané d’un pool pouvant regrouper des milliers d’échantillons.

La méthode (cf. figure ci dessous) consistera à marquer les échantillons (ARNs extraits à partir de prélèvements nasopharyngés ou salivaires) par l’introduction de codes-barres moléculaires, puis de les mélanger pour les analyser non pas individuellement, mais en parallèle : les échantillons, en pool, sont amplifiés, puis séquencés par la technologie Oxford Nanopore, choisie pour son utilisation simple ne nécessitant pas de grands équipements de séquençage. Les échantillons positifs sont détectés par analyse bio-informatique des résultats.

Figure illustrant le projet POSSCOVD - vignette

L’équipe évaluera la sensibilité du dépistage par comparaison avec la méthode PCR de référence, estimera le nombre maximal d’échantillons analysables simultanément et testera la possibilité d’utiliser des séquenceurs de taille réduite (MinION Mk1C, open-qPCR) pour des tests réalisables hors grands laboratoires. En plus du bond significatif d’échelle des analyses, la méthode proposée, en faisant appel au séquençage des génomes de coronavirus, participe à la détection et la surveillance des variants.

En savoir plus

Colloque “Les technologies innovantes pour lutter contre le SARS-Cov-2”

Voir la rétrospective du colloque >> cliquez-ici !

Equipe Sysfate

Découvrez l’équipe Sysfate de l’Unité de Génomique métabolique (Genoscope – CEA / CNRS / Université d’Évry) >> cliquez-ici !

POSCOVD – le projet

Retrouvez un résumé du projet sur le site du ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche (la recherche mobilisée) >> cliquez-ici!

Article posté le 22 février 2021

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