Cette plateformes est ouverte aux collaborations académiques.
Le séquenceur NextSeq 550, installé le 2 janvier 2020 sur la plateforme NGS & Analyses génomiques de l’institut I-Stem, est pleinement opérationnel. La capacité de séquençage de la plateforme se trouve ainsi multipliée d’un facteur 4 et répond aux besoins croissants des équipes académiques génopolitaines.
L’Institut des cellules souches a acquis ce séquenceur Illumina avec le soutien de Genopole et de l’Université d’Evry Paris-Saclay.
Le NextSeq 550 est le premier séquenceur de la gamme Illumina à réaliser le séquençage 30x (chaque base de l’ADN est lue en moyenne 30 fois, ce qui garantit la qualité du séquençage.) d’un génome humain (environ 3 Gb) ou de 65 génomes bactériens de type E. Coli (5 Mb) en à peine 24 heures.
Proposant deux supports de séquençage, respectivement de 140 ou 400 millions de reads (fragments séquencés), le NextSeq 550 offre la possibilité d’adapter le débit de séquençage à chaque projet de recherche.
NGS & ANALYSES GENOMIQUES : une plateforme collaborative ouverte aux équipes académiques d’Ile-de-France
La plateforme NGS et Analyses génomiques a été créée en 2014. Elle est hébergée au sein de l’Institut des cellules Souches pour le Traitement et l’Étude des Maladies monogéniques (I-Stem) sur le site de Genopole. Récemment labellisée Genopole, la plateforme a pour objectif d’offrir aux équipes de recherche académique l’ensemble des techniques indispensables aux analyses transcriptomiques ou génomiques.
Un appui aux projets de recherche
A la création de la plateforme, le choix du séquenceur Ion Proton (ThermoFisher), capable de de séquencer des panels de gènes ainsi que des petits génomes, correspondait aux projets développés par les équipes d’I-Stem ou de collaborations déjà établies. Cette technologie a permis l’identification simultanée d’un grand nombre de gènes modulés au cours d’un processus de différenciation cellulaire dans un contexte physiologique ou pathologique.
Exemples de recherches ayant bénéficié de la plateforme :
- Human Pluripotent Stem Cell-derived Cortical Neurons for High Throughput Medication Screening in Autism : A Proof of Concept Study in SHANK3 Haploinsufficiency Syndrome. EBioMedicine (2016)
- Preclinical Evaluation of a Lentiviral Vector for Huntingtin Silencing. Molecular therapy – Methods & clinical development (2017)
- The striatal kinase DCLK3 produces neuroprotection against mutant huntingtin. Brain (2018)
Margot JARRIGE, ingénieure en charge de la plateforme indique que « récemment, la plateforme a participé à l’évaluation du potentiel thérapeutique d’un composé pour le traitement de la dystrophie musculaire des ceintures en collaboration avec l’équipe de Xavier Nissan. Identifié à l’issu d’un criblage à haut-débit, le Thiostrepton permet de restaurer la bonne localisation d’une protéine mutée, l’alpha-sarcoglycane, indispensable à l’intégrité des sarcomères des muscles striés. L’analyse du transcriptome de cellules traitées a permis d’étudier en détail le mécanisme d’action du Thiostrepton. Xavier Nissan et son équipe ont ainsi démontré que ce composé diminuait la dégradation de l’alpha-sarcoglycane via l’inhibition de l’activité du protéasome ».
Margot ajoute qu’en parallèle des projets de prestation, « la plateforme développe également de nouveaux outils de séquençage ou d’analyses bio-informatiques comme, par exemple, une base de données d’expression génique qui permettra d’étudier l’expression d’un ou de plusieurs gènes dans différents modèles cellulaires dérivés de cellules souches pluripotentes humaines ».
